R中字符串移除
R中字符串移除
提问于 2020-04-24 01:50:33
以前，我问过这个问题
Generating DNA codon combinations in R
其中，我正在尝试实现一个更快的版本，但却遇到了一个意想不到的问题。
我的尝试
library(ape)
codon.tbl <- "vertebrate mitochondrial"
pos1 <- c("a", "c", "g", "t")
pos2 <- c("a", "c", "g", "t")
pos3 <- c("a", "c", "g", "t")
codons <- expand.grid(pos1, pos2, pos3)
codons <- paste0(codons$Var1, codons$Var2, codons$Var3)
# Exclude stop codons
if (codon.tbl == "standard") {
stop.codons <- c("taa", "tag", "tga")
} else if (codon.tbl == "vertebrate mitochondrial") {
stop.codons <- c("aga", "agg", "taa", "tag")
} else {
# invertebrate mitochondrial
stop.codons <- c("taa", "tag")
}
codons <- codons[which(codons != stop.codons)] # problematic line上面的代码行应该只包含60个元素，因为当codon.tbl ==“脊椎动物线粒体”时，有4个可能的终止密码子，相反，'codons‘包含62个元素。
当我运行代码时，'codons‘仍然包含字符串"agg“和"taa"；只删除了"aga”和"tag“。
我不知道为什么会这样
回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2020-04-24 01:52:00
我们可以使用%in%和negate (!)代替!=，因为'stop.codons‘length大于1，==或!=作为元素比较。
out <- codons[!codons %in% stop.codons]
any(c('agg', 'taa') %in% out)
#[1] FALSE作为一个简单的例子
v1 <- 1:5
v2 <- 2:3
v1 == v2
#[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE在这里，“v1”的第一个元素，即1与2，其次是3，然后是'v1‘的第三个元素，即3与2(较短向量的循环)。
同时，使用%in%检查整个vector是否存在该元素。
v1 %in% v2
#[1] FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE如果没有副本，也可以使用setdiff。
setdiff(codons, stop.codons)或者使用来自vecsets的vecsets
library(vecsets)
vsetdiff(codons, stop.codons)页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/61399772
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