从每个文件中提取同一列为一个文件
从每个文件中提取同一列为一个文件
提问于 2020-08-21 14:01:21
我有以下171个文件的数据集。
CHR:POS REF:ALT BREED
6:85406127 T:A 0.333333
6:85406128 T:C 0
6:85406129 C:G 0.333333
6:85406130 T:G 0.833333期望输出是
CHR:POS REF:ALT BREED BREED2 BREED3 ... 171st file
6:85406127 T:A 0.333333 0.33 0.5 .... 0.4
6:85406128 T:C NA 0.33 0.5 .... 0.4
6:85406129 C:G 0.333333 0.33 NA .... 0
6:85406130 T:G 0.833333 0.33 0.5 .... NA文件名包含品种名称。第一列和第二列在每个文件中包含相同的信息。如何只从每个文件中提取第三列，同时保留第一个文件中的所有列？
我将第一个文件移到其他文件夹中，以便从解压缩中排除。以下命令没有给出结果。
cut -d " " -f3 *.txt | paste ../breedname.txt - > output.txt我也尝试使用这些问题中显示的awk命令，但它对我的数据集不起作用。
欢迎任何帮助！
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-08-21 14:13:54
下面是一种非常快速和肮脏的方法：
假设您的文件顺序相同：：
$ awk '(FNR==NR){a[FNR]=$0;next}
{a[FNR]=a[FNR] FS $NF}
END{for(i=1;i<=FNR;++i) print a[i]}' file1 file2 file3 ... filen如果您想要标题更干净一点：
$ awk '(FNR==NR){a[FNR]=$0 (FNR==1?++c:"");next}
{a[FNR]=a[FNR] FS $NF (FNR==1?++c:"")}
END{for(i=1;i<=FNR;++i) print a[i]}' file1 file2 file3 ... filen假设您的文件顺序不同：：
$ awk '{key=$1 FS $2}
(FNR==NR){a[key]=$0 (FNR==1?++c:"");next}
{a[key]=a[key] FS $NF (FNR==1?++c:"")}
END{for(i in a) print a[i]}' file1 file2 file3 ... filenStack Overflow用户
发布于 2020-08-21 14:40:37
我会这样做：
paste -d " " *.txt | awk '{printf "%s %s ",$1,$2; for (i = 3; i <= NF; i+=3){printf "%s ",$i} print ""}'paste垂直地将这些行连接起来，所以每一列都在彼此旁边。之后，您只需选择所需的列即可。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/63524301
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