打开h5文件用于
我目前正在用虚拟大脑(www.thevirtualbrain.org)做一个项目，并模拟了一些脑电数据。为了进一步分析这一点，我想在python中打开这个模拟的时间序列，以便我可以使用MNE软件包来分析它。然而，我只能用h5格式存储来自虚拟大脑的脑电数据，我想不出如何在python中打开这个文件，因为我可以用它来使用MNE来分析它。
我可以在Python中阅读h5文件，并看到它的描述：
文件键结构时间结构“
但我不知道如何再次利用这些数据来分析脑电图。
有人知道怎么做吗？
谢谢!
西琳
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-03-30 14:03:10
“键”是HDF5节点(组或数据集)的名称。要变得熟练，您需要了解HDF5文件模式。花点时间回顾一下HDF5在 Group上的文档。我推荐这个医生：HDF5简介。
根据上面的输出，您有两个数据集：
- HDF5数据集"data"：shape (512，2，63，1)，键入"“
- HDF5数据集"time"：shape (512，)，键入"“
h5py以NumPy数组的形式检索数据集。type是数组的type属性，type是dtype属性。(熟悉NumPy也有帮助。)在这种情况下，所有的值都是浮动的。这两个数据集都有512行，但维度不同。我怀疑time数据集保存了您的时间值。您必须研究data数据集，以了解该数据是如何组织的。
下面是根据你问题中的详细信息检索数据的伪代码。data_arr和time_arr是关联数据集的NumPy数组。
with h5py.File('yourfile.h5','r') as h5f:
data_arr = h5f['data'][:]
time_arr = h5f['time'][:]一旦将数据作为NumPy数组使用，就可以使用Python操作来处理它。这应该能让你开始。尝试一下，看看你能用data_arr和time_arr做些什么。注意:这是一个快速概述HDF5和h5py。这个问题还有很多。
注意，我使用的是Python的上下文管理器with/as:，而不是简单的h5py.File()调用。它是首选，并为您管理文件关闭操作(不需要h5f.close())
https://stackoverflow.com/questions/66867794
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