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社区首页 >问答首页 >用enrichGO在R中对TAIR进行富集分析时不作图

用enrichGO在R中对TAIR进行富集分析时不作图
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Stack Overflow用户
提问于 2021-05-17 13:55:36
回答 1查看 120关注 0票数 0

我尝试用enrichGO和R.对拟南芥进行富集分析,但结果是空白的。是什么导致了这个结果?

代码语言:javascript
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> ego <- enrichGO(syn_block1_gene, OrgDb = "org.At.tair.db", keyType = "TAIR",ont = "BP")
> ego
#
# over-representation test
#
#...@organism    Arabidopsis thaliana 
#...@ontology    BP 
#...@keytype     TAIR 
#...@gene    chr [1:754] "AT1G55230" "AT1G55240" "AT1G55380" "AT1G55390" "AT1G55420" ...
#...pvalues adjusted by 'BH' with cutoff <0.05 
#...0 enriched terms found
#...Citation
  Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Yanyan Han and Qing-Yu He.
  clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among
  gene clusters. OMICS: A Journal of Integrative Biology
  2012, 16(5):284-287 

> dotplot(ego)
> head(ego)
[1] ID          Description GeneRatio   BgRatio     pvalue      p.adjust   
[7] qvalue      geneID      Count      
<0 rows> (or 0-length row.names)
> as.data.frame(ego)[1,]
     ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID Count
NA <NA>        <NA>      <NA>    <NA>     NA       NA     NA   <NA>    NA

我相信syn_block1_gene的数据是正确的。

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回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2021-05-17 14:56:03

设置/包括参数pAdjustMethod = "none"pvalueCutoff = 1qvalueCutoff = 1

票数 0
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/67571127

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