扫描邻居函数: LLVM错误:符号未找到：__svml_sqrtf8
扫描邻居函数: LLVM错误:符号未找到：__svml_sqrtf8
提问于 2021-09-02 07:39:54
每当我使用sc.pp.neighbors(adata)时，我都会收到以下消息(没有任何错误)：
我有：
scanpy==1.8.1
pynndescent==0.5.4
numba==0.54.0
umap-learn==0.5.1
anndata==0.7.6
我的数据集只包含大约20,000个单元格，所以我的内核使用这个相对较小的数据集死亡是很奇怪的。
我甚至尝试使用scanpy的bbknn函数作为替代，我的内核也死了。
我还遇到了与github上的一个问题相同的问题：https://github.com/theislab/scanpy/issues/1567，但它还没有解决方案。
我试图在cmd而不是jupyter-记事本上运行代码，得到了下一个错误：
LLVM ERROR: Symbol not found: __svml_sqrtf8
为了正确地运行这个函数，我应该做些什么？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-12-22 16:53:21
上面的comment by @Iguananaut对我起了作用：
如果你可以在木星笔记本之外重现这个问题，那么相对于木星的使用来说，这并不是一个真正的问题，这个标签是可以避免的。问题就在别的地方。该问题可能与numba有关，可能与预编译的numba与安装在系统上的其他库不兼容有关。我想知道如果您设置环境变量
NUMBA_DISABLE_INTEL_SVML=1，会不会有帮助？
我创建了一个新的环境变量如下：
NUMBA_DISABLE_INTEL_SVML
- variable
- 变量名：值：
1
这样我就可以运行umap了。在我看到终端窗口中同样的错误之前：
Symbol not found: _svml_sqrtf8页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/69026039
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