问如何修复GROMACS错误“没有这样的分子类型SOL”？
EN

Stack Overflow用户

提问于 2021-09-13 20:20:40

回答 1查看 691关注 0票数 1

我试图复制本教程：http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/04_ions.html，但是有一种不同的蛋白质。

在添加离子的步骤中(使用genion来生成ion.tpr文件)，我得到了'No这类分子型SOL‘。当我在分子类型部分添加SOL时，我得到‘分子型’蛋白质没有原子‘。

任何帮助都是非常感谢的！

我正在提供topol.top文件的相关部分。

采购产品名称: bond_type质量电荷p型乙型epsilon Amb .

分子型；命名为nrexcl蛋白3

原子..。

水中系统蛋白

分子；复合nmols蛋白1

索尔53832

发布于 2022-02-05 15:09:25

关于SOL错误-似乎您的topol.top没有水拓扑文件。在topol.top中的任何位置添加行，并从分子类型部分删除SOL。#包括"oplsaa.ff/spce.itp“

关于蛋白质错误-检查你的*.gro文件中是否包含一个蛋白质分子和53832个水分子。我怀疑你的*.gro文件没有蛋白质分子，而且只充满了水。确保topol.top中的分子数量与*.gro文件中的分子数量相同。

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/69168685

复制

相似问题

问如何修复GROMACS错误“没有这样的分子类型SOL”？EN