问Python编程
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Stack Overflow用户

提问于 2010-09-21 05:17:55

回答 1查看 378关注 0票数 1

我的任务要求做一个函数调用readFasta， 接受 one 参数：  name of a fasta format file (fn) ，包含 one 或 more 序列。 的 函数存储应该读取you文件，并返回一本字典，其中键是fasta fasta ，其中键是fasta fasta ，而值是来自fn/fn文件的对应序列，fn，fn。确保将En50#您输入了51##。不要 包括 ， ，新的 线， 或 ，其他 ，空格， 字符， 序列， 字典。

对于ex，如果afile.fa看起来像：

>one
atctac
>two
gggaccttgg
>three
gacattac

然后a.readFasta(f)返回：

[‘one’ : ‘atctac’,
‘two’ : ‘gggaccttgg’,
‘three’: ‘gacattac’]

如果我试着编写一些代码，但由于我在编程方面完全是新手，对我来说就不太好了。大家能帮帮我吗。非常感谢。这是我的密码：

import gzip

def readFasta(fn):
    if fn.endswith('.gz'):
        fh = gzip.gzipfile(fn)
    else:
        fh = open(fn,'r')

    d = {}

    while 1:
        line = fh.readline()

        if not line:
            fh.close()
            break

        vals = line.rstrip().split('\t')
        number = vals[0]
        sequence = vals[1]

        if d.has_key(number):
            lst = d[number]

            if gene not in lst:
                # this test may not be necessary
                lst.append(sequence)
        else:
            d[number] = [sequence]

    return d

这是我在我的afile.txt里得到的

one atctac

两个gggaccttgg

三加达克

python

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2010-09-21 05:44:10

你的帖子有点让人困惑。我想你是想把它还给我。在这种情况下，您可以将其写为{'one': 'actg', 'two': 'aaccttgg' }。如果您正确地呈现了文件格式，那么这个函数就能做到这一点。

import gzip

def read_fasta(filename):
    with gzip.open(filename) as f:
        return dict(line.split() for line in f)

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/3757480

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