问ImageJ亮度&一堆图像的对比度

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开始编写这样一个脚本的一个好方法是使用ImageJ的宏记录器--您可以从Plugins > Macros > Record ...开始。对于这个例子，我假设您已经将Record:选项框切换到了JavaScript，但是如果您更熟悉ImageJ宏语言或编写ImageJ插件，那么其他选项可能是更好的选择。如果然后打开图像并使用Image > Stacks > Set Slice ...并选择(例如)片20，您应该会看到：

imp.setSlice(20);

..。出现在录音机里。现在，如果您运行Image > Adjust > Brightness/Contrast...并选择Auto，您应该会在记录器中看到，这相当于运行保持0.35%饱和像素的Enhance Contrast。正如您已经注意到的，这样做的问题是，这将调整整个堆栈的最小值和最大值，而不仅仅是该部分。但是，您可以通过运行Enhance Contrast来运行具有不同选项的Process > Enhance Contrast。ImageJ文档维基上关于该选项的部分解释说，如果您想要更改像素值，而不是设置堆栈的最小值和最大值，则需要选择“正常化”选项。如果我选择这样做，宏记录器记录：

imp.setSlice(20);
IJ.run(imp, "Enhance Contrast", "saturated=0.35 normalize");

..。你应该看到只有20片被改变了。然后，您可以将其包装在一个循环中，该循环在每个切片上运行相同的增强，使用：

var imp = IJ.getImage();
var n = imp.getStackSize();

for( var i = 0; i < n; ++i) {
    imp.setSlice(i+1);
    IJ.run(imp, "Enhance Contrast", "saturated=4 normalize");
}

(如果您使用的是斐济，那么脚本编辑器(例如通过File > New > Script)可以很容易地对这些脚本进行实验。

当然，使用normalize选项确实会导致像素值被更改，这意味着在本例中您正在丢失信息，所以我不会将结果堆栈用于定量结果。

我希望这有什么用。

您还可以考虑使用CellProfiler来处理图像。即使CP不能完全完成您想要做的事情，您也可以从CP运行ImageJ命令、插件和宏。

最简单的是，您可以创建一个只有LoadImages和RunImageJ的CP管道。

对于OP的问题，公认的答案是最好的，但是一个小的变化是，如果您想要改变亮度/对比度作为特定数据切片的函数。

在我的例子中，我希望有一个阈值效应，但是在堆栈的每个片段中，阈值都在变化。我去了几个不同的切片，并手动找到了阈值。然后，我找到了阈值(Tv)作为切片函数的近似函数，如下所示：

Tv=4000/s-17

因此，我的脚本变成：

importClass(Packages.ij.IJ);

var imp = IJ.getImage();
var n = imp.getStackSize();
var miny,maxy;

for( var i = 1; i < n+1; ++i) {
    imp.setSlice(i);
    miny=parseInt(4000/i-17);
    maxy=miny+5;
    IJ.setMinAndMax(imp, miny, maxy);
    IJ.run(imp, "Apply LUT", "slice");
}