描述
当使用openmp的并行构造分配和释放具有4个或更多线程的随机大小的内存块时,程序似乎开始在测试程序运行时的下半部分泄漏大量内存。因此,它将消耗的内存从1050 MB增加到1500 MB或更多,而不实际使用额外的内存。
由于valgrind没有显示任何问题,我必须假设,看起来是内存泄漏的实际上是内存碎片的强调效果。
有趣的是,如果两个线程每个分配10000次,那么效果还没有显示出来,但是如果4个线程每个分配了5000次,效果就会强烈地显示出来。另外,如果分配的块的最大大小减少到256 to (从1mb),效果就会变弱。
重并发能那么强调碎片化吗?或者这更有可能是堆中的一个bug?
测试程序描述
构建演示程序是为了从堆中获得256 MB随机大小的内存块,进行5000次分配。如果达到内存限制,首先分配的块将被解除分配,直到内存消耗低于该限制为止。一旦执行了5000次分配,就会释放所有内存并结束循环。所有这些工作都是针对openmp生成的每个线程完成的。
这种内存分配方案允许我们预期每个线程的内存消耗大约为260 MB (包括一些簿记数据)。
演示程序
由于这确实是您想要测试的东西,所以您可以从dropbox下载一个简单的makefile示例程序。
当按原样运行程序时,至少应该有1400 MB的RAM可用。可以随意调整代码中的常量以满足您的需要。
为了完整起见,实际代码如下:
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <iostream>
#include <vector>
#include <deque>
#include <omp.h>
#include <math.h>
typedef unsigned long long uint64_t;
void runParallelAllocTest()
{
// constants
const int NUM_ALLOCATIONS = 5000; // alloc's per thread
const int NUM_THREADS = 4; // how many threads?
const int NUM_ITERS = NUM_THREADS;// how many overall repetions
const bool USE_NEW = true; // use new or malloc? , seems to make no difference (as it should)
const bool DEBUG_ALLOCS = false; // debug output
// pre store allocation sizes
const int NUM_PRE_ALLOCS = 20000;
const uint64_t MEM_LIMIT = (1024 * 1024) * 256; // x MB per process
const size_t MAX_CHUNK_SIZE = 1024 * 1024 * 1;
srand(1);
std::vector<size_t> allocations;
allocations.resize(NUM_PRE_ALLOCS);
for (int i = 0; i < NUM_PRE_ALLOCS; i++) {
allocations[i] = rand() % MAX_CHUNK_SIZE; // use up to x MB chunks
}
#pragma omp parallel num_threads(NUM_THREADS)
#pragma omp for
for (int i = 0; i < NUM_ITERS; ++i) {
uint64_t long totalAllocBytes = 0;
uint64_t currAllocBytes = 0;
std::deque< std::pair<char*, uint64_t> > pointers;
const int myId = omp_get_thread_num();
for (int j = 0; j < NUM_ALLOCATIONS; ++j) {
// new allocation
const size_t allocSize = allocations[(myId * 100 + j) % NUM_PRE_ALLOCS ];
char* pnt = NULL;
if (USE_NEW) {
pnt = new char[allocSize];
} else {
pnt = (char*) malloc(allocSize);
}
pointers.push_back(std::make_pair(pnt, allocSize));
totalAllocBytes += allocSize;
currAllocBytes += allocSize;
// fill with values to add "delay"
for (int fill = 0; fill < (int) allocSize; ++fill) {
pnt[fill] = (char)(j % 255);
}
if (DEBUG_ALLOCS) {
std::cout << "Id " << myId << " New alloc " << pointers.size() << ", bytes:" << allocSize << " at " << (uint64_t) pnt << "\n";
}
// free all or just a bit
if (((j % 5) == 0) || (j == (NUM_ALLOCATIONS - 1))) {
int frees = 0;
// keep this much allocated
// last check, free all
uint64_t memLimit = MEM_LIMIT;
if (j == NUM_ALLOCATIONS - 1) {
std::cout << "Id " << myId << " about to release all memory: " << (currAllocBytes / (double)(1024 * 1024)) << " MB" << std::endl;
memLimit = 0;
}
//MEM_LIMIT = 0; // DEBUG
while (pointers.size() > 0 && (currAllocBytes > memLimit)) {
// free one of the first entries to allow previously obtained resources to 'live' longer
currAllocBytes -= pointers.front().second;
char* pnt = pointers.front().first;
// free memory
if (USE_NEW) {
delete[] pnt;
} else {
free(pnt);
}
// update array
pointers.pop_front();
if (DEBUG_ALLOCS) {
std::cout << "Id " << myId << " Free'd " << pointers.size() << " at " << (uint64_t) pnt << "\n";
}
frees++;
}
if (DEBUG_ALLOCS) {
std::cout << "Frees " << frees << ", " << currAllocBytes << "/" << MEM_LIMIT << ", " << totalAllocBytes << "\n";
}
}
} // for each allocation
if (currAllocBytes != 0) {
std::cerr << "Not all free'd!\n";
}
std::cout << "Id " << myId << " done, total alloc'ed " << ((double) totalAllocBytes / (double)(1024 * 1024)) << "MB \n";
} // for each iteration
exit(1);
}
int main(int argc, char** argv)
{
runParallelAllocTest();
return 0;
}
测试系统
据我所见,硬件非常重要。如果在更快的机器上运行,测试可能需要调整。
Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU T7300 @ 2.00GHz
Ubuntu 10.04 LTS 64 bit
gcc 4.3, 4.4, 4.6
3988.62 Bogomips
测试
一旦执行了makefile,就应该得到一个名为ompmemtest
的文件。为了查询一段时间的内存使用情况,我使用了以下命令:
./ompmemtest &
top -b | grep ompmemtest
这就产生了相当令人印象深刻的碎裂或泄漏行为。4个线程的预期内存消耗是1090 MB,随着时间的推移,它变成了1500 MB:
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
11626 byron 20 0 204m 99m 1000 R 27 2.5 0:00.81 ompmemtest
11626 byron 20 0 992m 832m 1004 R 195 21.0 0:06.69 ompmemtest
11626 byron 20 0 1118m 1.0g 1004 R 189 26.1 0:12.40 ompmemtest
11626 byron 20 0 1218m 1.0g 1004 R 190 27.1 0:18.13 ompmemtest
11626 byron 20 0 1282m 1.1g 1004 R 195 29.6 0:24.06 ompmemtest
11626 byron 20 0 1471m 1.3g 1004 R 195 33.5 0:29.96 ompmemtest
11626 byron 20 0 1469m 1.3g 1004 R 194 33.5 0:35.85 ompmemtest
11626 byron 20 0 1469m 1.3g 1004 R 195 33.6 0:41.75 ompmemtest
11626 byron 20 0 1636m 1.5g 1004 R 194 37.8 0:47.62 ompmemtest
11626 byron 20 0 1660m 1.5g 1004 R 195 38.0 0:53.54 ompmemtest
11626 byron 20 0 1669m 1.5g 1004 R 195 38.2 0:59.45 ompmemtest
11626 byron 20 0 1664m 1.5g 1004 R 194 38.1 1:05.32 ompmemtest
11626 byron 20 0 1724m 1.5g 1004 R 195 40.0 1:11.21 ompmemtest
11626 byron 20 0 1724m 1.6g 1140 S 193 40.1 1:17.07 ompmemtest
请注意:I在编译gcc 4.3、4.4和4.6(主干)时可以复制这个问题。
发布于 2011-05-04 11:25:20
当将测试程序与google的tcmalloc库链接时,可执行文件不仅运行速度快了10%,而且显示出内存碎片大大减少或微不足道:
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
13441 byron 20 0 379m 334m 1220 R 187 8.4 0:02.63 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1085m 1.0g 1220 R 194 26.2 0:08.52 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1111m 1.0g 1220 R 195 26.9 0:14.42 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1131m 1.1g 1220 R 195 27.4 0:20.30 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1137m 1.1g 1220 R 195 27.6 0:26.19 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1137m 1.1g 1220 R 195 27.6 0:32.05 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1149m 1.1g 1220 R 191 27.9 0:37.81 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1149m 1.1g 1220 R 194 27.9 0:43.66 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1161m 1.1g 1220 R 188 28.2 0:49.32 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1161m 1.1g 1220 R 194 28.2 0:55.15 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1161m 1.1g 1220 R 191 28.2 1:00.90 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1161m 1.1g 1220 R 191 28.2 1:06.64 ompmemtestgoogle
13441 byron 20 0 1161m 1.1g 1356 R 192 28.2 1:12.42 ompmemtestgoogle
根据我掌握的数据,答案似乎是:
如果所使用的堆库不能很好地处理并发访问,并且处理器不能真正同时执行线程,则多线程访问堆可以强调碎片化。
tcmalloc库显示没有显着的内存碎片,运行之前导致~400 in在碎片中丢失的程序。
但为什么会这样呢?
这里我必须提供的最好的想法是堆中的某种锁定工件。
测试程序将分配随机大小的内存块,释放程序早期分配的块以保持其内存限制。当一个线程正在释放“左”堆块中的旧内存时,它实际上可能会在另一个线程计划运行时停止,在该堆块上留下一个(软)锁。新调度的线程希望分配内存,但可能甚至不会读取“左侧”的堆块,以检查当前正在更改的空闲内存。因此,它可能会在“右边”不必要地使用一个新的堆块。
这个过程看起来像一个堆块移动,其中第一个块(左边)仍然只使用很少和支离破碎,迫使新的块被使用在右边。
让我们重申,只有当我在双核系统上使用4个或更多线程时,才会出现这种碎片问题,它只能或多或少地同时处理两个线程。当只使用两个线程时,堆上的(软)锁将保持得足够短,不会阻塞想要分配内存的其他线程。
另外,作为免责声明,我没有检查glibc堆实现的实际代码,也没有检查内存分配器领域的新手--我所写的只是它在我看来的样子,这使它成为纯粹的推测。
另一个有趣的读物可能是tcmalloc文档,它指出堆和多线程访问的常见问题,其中一些可能也在测试程序中扮演了他们的角色。
值得注意的是,它永远不会将内存返回到系统(请参阅http://goog-perftools.sourceforge.net/doc/tcmalloc.html中的注意事项段落)
发布于 2018-02-07 22:08:29
是的,默认的malloc (取决于linux版本)做了一些疯狂的事情,在一些多线程应用程序中大量失败。具体来说,它保持几乎每个线程堆(arenas),以避免锁定。对于所有线程来说,这比一个堆要快得多,但是大规模内存效率很低(有时)。您可以使用这样的代码对此进行调优,这会关闭多个竞技场(这会降低性能,因此,如果您有大量的小分配,就不要这样做!)
rv = mallopt(-7, 1); // M_ARENA_TEST
rv = mallopt(-8, 1); // M_ARENA_MAX
或者就像其他人建议的那样,用各种替代物代替malloc。
基本上,一个通用的malloc不可能总是高效的,因为它不知道如何使用它。
ChrisP。
https://stackoverflow.com/questions/5875989
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