如何在包中显示S4函数的源代码？
我使用R中的软件包topGO来分析基因的富集情况，代码如下：
sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10,
annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher",
ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)我希望看到并更改RunTest函数和GenTable函数以更改ResultTable，但我不知道如何显示该函数。使用getAnywhere("GenTable")，我无法获得我想要的硬代码。
getAnywhere("GenTable")找到了与“GenTable”匹配的单个对象
它在下列地方被发现
包:topGO命名空间:topGO
有价值
函数(对象.)standardGeneric( "GenTable“) < 0x16a30c10>环境:0x16a30c10> attr(，”泛型“)1”GenTable“attr(，”0x16a30c10>“)1 "topGO”attr(，"package") 1 "topGO“attr(，"package") 1”topGO“attr(，"group") list() attr(，"valueClass")字符(0) attr(，”签名“)1 "object”attr(，“缺省”) NULL attr(，“骨架”)函数(对象，.)停止(“无效调用方法分派到\"GenTable\”(无默认方法)“，domain = NA)(object，.)attr(，"class") 1 "standardGeneric“attr(，"class")attr(，”包“)1”方法“
我该怎么做？
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2011-05-09 14:23:35
使用getMethod()并指定签名。就你的情况而言，那可能是：
getMethod("GenTable","topGOdata")要显示GenTable对象的topGOdata方法，请执行以下操作。在这种情况下，只有为topGOdata对象定义的方法。如果有不同的签名方法，showMethods()会告诉您哪些方法。就你而言：
showMethods("GenTable")
# Function: GenTable (package topGO)
# object="topGOdata"您可以通过在getMethod()函数中指定签名来获取所需签名的代码。
Stack Overflow用户
发布于 2012-04-06 14:26:02
我知道这是个老问题，但为了将来搜索者的完整性，还有一个叫做
selectMethod这与getMethod不同，因为您可以使用继承。这就是我如何找到具有多个签名的泛型函数的源代码。
https://stackoverflow.com/questions/5937832
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