问传统开源Java应用程序

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根据我的个人经验，maven是构建和管理依赖关系的最佳可用工具，因此我对您的问题的答案都是关于maven的。此外，对于maven，您只需要提供包含依赖项定义和项目构建配置的pom.xml文件。您共享的项目不需要包含任何JAR内部，因为它过去是与蚂蚁为基础的项目。

我的目录结构应该是什么样子？像src，bin之类的文件夹还有别的吗？

与标准maven项目一样:) (http://maven.apache.org/guides/introduction/introduction-to-the-standard-directory-layout.html)

• src/main/java应用程序源(Java类)
• src/test/java应用程序测试( com.company.Foo类的单元测试也应该在com.company包中，它引入了一些顺序，有时使测试更容易)
• src/main/resources应用程序资源，例如服务国际化的message.properties文件
• 用于测试的src/test/resources资源，例如，如果您希望使用http服务器返回某些内容进行集成测试，则转储网站。

还有其他目录，如src/main/webapp --它们都在maven文档中描述。

我的应用程序应该以什么方式运行？例如，我的应用程序需要log4j才能运行。Maven在构建包时解决此依赖关系。但是在构建包时，您应该手动为您提供log4j的路径(使用java -cp .)--如果我只想为用户提供.sh和.cmd脚本，那么如何消除这个要求呢？

Maven按照在pom.xml文件中定义的配置来处理所有这些事情。如果您的程序需要一些额外的库，maven将为您下载它，并放置在包含应用程序的包中。例如，如果应用程序服务器(log4j JAR)将提供某些依赖项，您还可以设置该依赖项，然后，它将用于运行应用程序，用于单元测试，但它不会位于最终包中。

maven提供的更好的特性是构建概要文件。例如，您可以在日常开发模式中使用一些设置，但在构建用于生产的包时，将使用其他设置。

如果您和您的同行只想继续使用Eclipse，那么共享项目，包括.project和其他隐藏文件，并避免引用外部jar文件和其他资源。如果您需要log4j.jar，那么将它放在您的项目中并将其添加到构建路径中。

这是非常好的工作，即使是对多个程序员，是最快的方式起来和运行。

我的目录结构应该是什么样子？像src，bin之类的文件夹还有别的吗？

如果您正在使用maven，则会处理它。(src/main/java，src/test/java等)

我的应用程序应该以什么方式运行？

我觉得maven exec插件应该能帮到你。看看http://mojo.codehaus.org/exec-maven-plugin/java-mojo.html，看看它是否符合要求。