在字符串列表中，在字符串中找到一个短语，并将字符串中的两个整数(x.y)附加到一个列表中。Python
在字符串列表中，在字符串中找到一个短语，并将字符串中的两个整数(x.y)附加到一个列表中。Python
提问于 2012-09-23 21:54:11
因此，我试图编写一个脚本，一旦找到某个单词，就会读取一个文件并提取2个值。在这种情况下，当遇到字符串'exon‘时，它将保存它后面的两个整数。
我从创建空字符串开始：
exon_start = []
exon_end = []下面是我使用的简化数据的一个示例：
for line in data:
print data
>>>
exon 1..35
/gene="CDKN1A"
CDS 73..567
/translation="MSEPAGDVRQNPCGSKACRRLFGPVDSEQLSRDCDALMAGCIQE
ARERWNFDFVTETPLEGDFAWERVRGLGLPKLYLPTGPRRGRDELGGGRRPGTSPALL
QGTAEEDHVDLSLSCTLVPRSGEQAEGSPGGPGDSQGRKRRQTSMTDFYHSKRRLIFS
KRKP"
misc_feature 76..78
/gene="CDKN1A"
exon 518..2106
/gene="CDKN1A"我尝试为re.findall()函数导入正则表达式模块：
indx_exon = range(0,len(data))
# so this relates each line of the data to a specific number in the index我在识别每个单独行中的“exon”短语时遇到了困难，首先，我试图识别文本的哪一行具有外显子序列，以查看re.findall()是否有效，并指出：
for p,line in zip(indx_line,data):
if re.findall(r'exon',line) is True:
print p我什么都没有
当我说：
for p,line in zip(indx_line,data):
exon_test = re.findall(r'exon',line)
print exon_test我得到了一堆不包含“外显子”的线条，而对于“外显子”，它们给了我“外显子”。因此，我知道我可以使用re.findall()特性来查找每个字符串中的每一个外显子
--我只需要弄清楚，当它找到'exon‘时，我会怎么说，它需要在这一行中查找，直到它找到’.‘然后将其旁边的整数附加到相应的列表；即
exon_start = [1,518]
exon_end = [35,2106]回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2012-09-23 22:12:31
问题在if re.findall(r'exon',line) is True:行中。因为re.finall()不会返回True或False。示例：
>>> mystr = '123 exon'
>>> import re
>>> re.findall(r'exon', mystr)
['exon']
>>> re.findall(r'exon', mystr) is True
False
>>> bool(re.findall(r'exon',mystr))
True
>>> if re.findall(r'exon', mystr):
... print 'true'
...
true将原始代码更改为：
for p,line in zip(indx_line,data):
if re.findall(r'exon',line):
print p应该让它发挥作用。
编辑:正如@TimPietzcker所指出的，在这种情况下根本不需要使用re。为了解决您的第二个问题，即获得..旁边的号码，下面的代码可能会有所帮助：
>>> line = ' exon 1..35'
>>> if 'exon' in line:
... ranges = line.split()[1].split('..')
... print ranges
...
['1', '35']页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/12556584
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