问如何用Biopython解析PQR文件

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由于PQR格式不再是标准PDB格式，因此需要修改Biopython解析器的源代码以满足您的需要。值得庆幸的是，Biopython是开放源码的，而且PDB.PDBParser非常易读/易于修改。

提取数据

你给的PQR描述：

“由于使用空白而不是特定的列宽和对齐，这种格式可能与PDB大不相同。”

Biopython的PDB解析器严格地期望列宽的值。( PDB文件之间没有空白是完全有效的。)我认为您最好的选择是修改在PDB.PDBParser中提取行数据的方式，但是维护它的大多数其他错误检查和Structure-creation。由于字段将被空格分隔，您可以简单地使用line.split()创建参数列表，然后给出有意义的名称。

一旦您从给定的行解析数据，您可能希望将其存储为Atom对象中的字段)。原子是structure_builder。也许您可以修改init_atom()，将电荷和半径作为字段添加到PDB.Atom对象中。

从哪里开始

这是您想要修改的源代码中的近似位置。

提纲

所以，开始完成，下面是我要做的：

1. 创建一个新的StructureBuilder方法init_pqr_atom() (以init_atom()为模型)，它创建一个新的Atom对象，将charge和radius作为字段添加到新的Atom中。(也许您希望创建一个继承PDB.PQRAtom的PDB.Atom对象？)。
2. 在方法 of PDBParser中创建一个可选参数，该参数告诉解析器它是一个PQR文件(不是标准的PDB)： def __init__(self，PERMISSIVE=True，get_header=False，structure_builder=None，QUIET=False，is_pqr=False)：
3. 将is_pqr传递给_parse()，后者将其传递给_parse_coordinates。
4. 在_parse_coordinates中，如果不是PQR文件，则将数据解析为普通数据(即使用默认的PDB列规范)。如果是PQR，则根据空格分隔的格式解析数据(同样，Python的str.split()将从字符串中返回空格分隔项的列表)。
5. 在结构中构建适当的Atom或PQRAtom对象，传递解析的值。