问请建议单用户应用程序的数据存储。

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您的用例似乎非常适合HDF5。

1. 小存储空间-心电图通常以1000个样本/秒采样，我需要存储24 - 48小时的心电图数据(~82 ~1.62亿个数据样本)。在SQLite上，它占用了巨大的空间。

HDF5允许非常高效和紧凑的存储。此外，您可以启用不同的压缩算法/过滤器(gzip、bzip等)，而不需要对性能造成太大影响。

1. 我应该能够快速阅读这些数据的一部分(从-到时间戳)。

这实际上是HDF5中的一个主要用例。从数据集中分割数据可以非常容易地完成。

1. 我应该能够修改数据的一部分，而不必从那时开始编写所有的数据。

可以扩展数据集，也可以适当地修改数据(严格来说，它不像SQLite中的UPDATE语句那样方便)。但是，对于删除数据有一些警告。(更多信息请参见here )

如果您有很多元信息，您可以考虑将它们存储在SQLite中，并将这些记录连接到包含原始数据的HDF5文件。或者，您也可以将这些元信息作为属性存储在HDF5中的节点/数据集中，并避免将SQLite全部使用。

与HDF5有关的唯一大问题/挑战是并发写操作。因此，如果您需要对单个HDF5文件进行并发写入操作，那么它就变得更加复杂。

对于在HDF5中使用.NET，您可以查看这个thread。