R:关联值与系统发育中的提示
R:关联值与系统发育中的提示
提问于 2013-05-21 15:18:29
我有一个系统发育和一些数据(性状值)。我已经使用ace在caper中为所有节点重构了特征值。
我在makeNodeLabel中使用ape将重构的特征值与它们的适当节点关联起来。
我想要做的是从R导出一个包含、节点值(重构值)和提示标签(数据)的nexus文件(系统发育)。
我想使用颜色代码(在FigTree中)来表示值，但是现在我只能在节点上这样做，即提示分支没有数据，因此不能“颜色编码”。
为了做到这一点，我需要将值与提示关联起来，但我还没有弄清楚如何做到这一点。我还需要与系统发育相关的所有数据都属于“相似类别”，例如，类似于*BEAST的θ值是如何在nexus文件中编码的。
所有的帮助都是非常感谢的。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2013-05-23 13:27:12
我找到了一个解决办法：
从R导出一棵树(nexus格式)，并将重构的特征与节点相关联。在FigTree中打开并将“标签”属性定义为“属性”。从文本文件中导入提示注释，该文本文件包含带有标题“特点”的列中的经验数据。然后将树从FigTree导出到一个带有nexus块的新文件，并包含注释。从nexus文件中的名称块复制名称(动物/有机体&特质=2.35754)，并将名称与编码树中的名称交换。然后，您将通过&Trait=value为节点和提示编写特征值。现在，您可以对整个树进行颜色编码，其中包括与系统发育相关的经验值。
所以，这是一种愚蠢的做法。如果有人有更好的方法，我很想听听。
Stack Overflow用户
发布于 2018-06-06 05:34:48
您可以在R中尝试使用'phytools‘包，函数'plotTree.wBars’可以执行。谨致问候。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/16673566
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