使用R映射多个ID
其想法如下。每个病人都有一个独特的病人身份，我们称之为hidenic_id。然而，这个病人可能会多次住院。另一方面，每个条目都有唯一的emtek_id。
病人110380于2001年4月14日入院11:08，后经医院转院，于2001年4月24日18:16出院。该病人于2001年11月5日23:24再次入院，因为他现在有不同的emtek_id。他于2001年5月25日16:26出院。因此，您需要通过检查日期来分配正确的emtek_ids。如果合并文件中的日期在接纳和释放时间内(或非常接近的时间，如24小时)，我们可以分配该emtek_id。
如何使用hidenic_id为条目分配不同的emtek_IDs并承认时间？
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2020-08-13 18:30:06
我有一些值得分享的想法。
首先，从emtek_id和date中创建hidenic_id。第二，使emtek_id具有解析的逻辑，例如，emtek_id@dataTime。第三，使数据库成为一个全局向量。根据内存限制，必须有一个比这更快的方法，但它可能会给您一些想法。
主要问题是处理NA值和不正确的hidenic_id，验证hidenic_id(s)，如果没有前面的字符(这将是一个快速修复)，则填充ID。最后，如何处理不正确但不是NA/null的输入？例如，假设您输入的是"ID“而不是"ID12345"，您想要将它作为一个调用来分配一个新值或为一个正确的输入XOR NA值提供提示吗？我假设您只提供正确的ID输入或NA值，但这是我的琐碎假设。
这里有一些伪代码来开始这个想法。你选择如何存储数据(例如。然后使用data.table：：fread()文件：
#this file's name is "make.hidenic_id.R"
library(data.table)
library(stringr)
set.seed(101)
#one might one a backup written, perhaps conditionally updating it every hour or so.
database.hidenic_id <<-data.table::fread("database.filename.hidenic_id.csv")
database.emtek_id <<-data.table::fread("database.filename.emtek_id.csv")
make.hidenic_Id = function(in.hidenic_id){
if(is.na(in.hidenic_id) | !(in.hidenic_id %in% database.hidenic_id)){
new.hidenic_id=NA
#conditionally make new hidenic_id
while( new.hidenic_id %in% database.hidenic_id){
new.hidenic_id = paste0("ID",str_pad(sample.int(99999, 1),5,pad=0))
}
#make new emtek_id
new.emtek_id <- paste0(new.hidenic_id, sep="@", str_sub(Sys.time(),1,16))
#update databases; e.g., c(database.emtek_id, new.emtek_id)
database.hidenic_id <<- c(database.hidenic_id, new.hidenic_id)
database.emtek_id <<- c(database.emtek_id, new.emtek_id)
}else{
new.emtek_id <- paste0(in.hidenic_id, sep="@", str_sub(Sys.time(),1,16))
# update database.emtek_id
database.emtek_id <<- c(database.emtek_id, new.emtek_id)
}
return(new.emtek_id)
}
temp = readline(prompt="Enter hidenic_id OR type \"NA\": ")
data.table::fwrite(database.emtek_id, "database.filename.emtek_id.csv")
data.table::fwrite(database.hidenic_id,"database.filename.hidenic_id.csv") 调用该文件
source("make.hidenic_id.R") 在管理糟糕的输入数据或优化搜索方面，我没有做很多“良好实践”的事情，但这是一个强有力的开端。其他一些好的做法是使用更长的整数或一个不同的前导字符串，但您从未说过我们可以使用输入值来生成ID。
你可以说这是受人口普查的启发，因为每一个地理ID变量都是一个庞大的字符串。
Stack Overflow用户
发布于 2013-06-21 17:00:36
我对你的问题很感兴趣，所以我创建了一些模拟数据，试图解决这个问题，但我自己遇到了一些困惑，然后发布了我的问题，我认为这是你的问题，但更笼统。您可以在这里看到响应：How can I tell if a time point exists between a set of before and after times
我的帖子产生了我相信的东西，这是你所开始的，被检查过的答案是我相信你在寻找的。完整的代码如下。您需要安装zoo和IRanges。而且，我是在2.15.3版中这样做的。IRanges在3.0.0中没有正确安装。
## package installation
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("IRanges")
install.packages("zoo")
## generate the emtek and hidenic file data
library(zoo)
date_string <- paste("2001", sample(12, 10, 3), sample(28,10), sep = "-")
time_string <- c("23:03:20", "22:29:56", "01:03:30", "18:21:03", "16:56:26",
"23:03:20", "22:29:56", "01:03:30", "18:21:03", "16:56:26")
entry_emtek <- strptime(paste(date_string, time_string), "%Y-%m-%d %H:%M:%S")
entry_emtek <- entry_emtek[order(entry_emtek)]
exit_emtek <- entry_emtek + 3600 * 24
emtek_file <- data.frame(emtek_id = 1:10, entry_emtek, exit_emtek)
hidenic_id <- 110380:110479
date_string <- paste("2001", sample(12, 100, replace = TRUE), sample(28,100, replace = T), sep = "-")
time_string <- rep(c("23:03:20", "22:29:56", "01:03:30", "18:21:03", "16:56:26",
"23:03:20", "22:29:56", "01:03:30", "18:21:03", "16:56:26"),10)
hidenic_time <- strptime(paste(date_string, time_string), "%Y-%m-%d %H:%M:%S")
hidenic_time <- hidenic_time[order(hidenic_time)]
hidenic_file <- data.frame(hidenic_id, hidenic_time)
## Find the intersection of emtek and hidenic times. This part was done by user: agstudy
library(IRanges)
## create a time intervals
subject <- IRanges(as.numeric(emtek_file$entry_emtek),
as.numeric(emtek_file$exit_emtek))
## create a time intervals (start=end here)
query <- IRanges(as.numeric(hidenic_file$hidenic_time),
as.numeric(hidenic_file$hidenic_time))
## find overlaps and extract rows (both time point and intervals)
emt.ids <- subjectHits(findOverlaps(query,subject))
hid.ids <- queryHits(findOverlaps(query,subject))
cbind(hidenic_file[hid.ids,],emtek_file[emt.ids,])https://stackoverflow.com/questions/17222981
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