R用另一列和几个冒号
R用另一列和几个冒号
提问于 2013-09-10 15:22:19
我有一个39列(超过100000行)数据框架，其最后十列看起来是这样(其余的列与我的问题无关)
H3K27me3_gross_bin H3K4me3_gross_bin H3K4me1_gross_bin UtoP UtoM UPU UPP UPM UMU UMP UMM
cg00000029 3 3 6 1 1 0 0 0 0 0 0
cg00000321 6 1 5 1 0 0 1 0 0 0 0
cg00000363 6 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0
cg00000622 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0
cg00000714 2 5 6 1 0 0 0 0 0 0 0
cg00000734 2 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0我想要创建一个矩阵，它将：
( a)计算值列UPU、UPP或UPM为前三列(H3K27me3_gross_bin、H3K4me3_gross_bin、H3K4me1_gross_bin)中每列1的行数(前三列之和为万国邮联、UPP、UPM )
我想出了这样一种极其繁琐的方法：
UtoPFrac<-seq(6)
UtoPTotEvents<-seq(6)
for (j in 1:3){
y<-df[,28+j]
for (i in 1:3){
UtoPFrac<-cbind(UtoPFrac,tapply(df[which(is.na(y)==FALSE),33+i],y[which(is.na(y)==FALSE)], function(x) length(which(x==1))))
}
}
UtoPFrac<-UtoPFrac[,2:10]
UtoPEvents<-cbind(rowSums(UtoPFrac[,1:3]),rowSums(UtoPFrac[,4:6]),rowSums(UtoPFrac[,7:9]))我证明有一种更优雅的方法可以做到这一点，可能是通过使用聚合()或ddply()，但是无法做到这一点。我会为你提供更有效的帮助。
提前感谢
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2013-09-10 16:05:46
未测试：
library(plyr)
dpply(df,.(H3K27me3_gross_bin, H3K4me3_gross_bin, H3K4me1_gross_bin), summarize, UPUl=length(UPU[which(UPU==1)]),UPPl=length(UPP[which(UPP==1)]),UPMl=length(UPM[which(UPM==1)]), mysum=sum( UPU + UPP + UPM))如果您dput数据并提供预期的输出，我将测试上面的代码
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https://stackoverflow.com/questions/18722876
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