获取一组残余物的所有邻居
获取一组残余物的所有邻居
提问于 2014-03-18 10:18:53
我在centerResidueList = [100, 140, 170, 53]中保存了一个残余数的列表，并且我试图从这组残余物中得到所有相邻的残余物。
目前，我正在使用下面的脚本，如果我处理整个PDB文件并生成一个原子对列表，距离为10.0，然后遍历该列表并检查all_neighbors列表中的剩余数是否与centerResidueList中的剩余数相对应。
from Bio.PDB import *
centerResidueList = [100, 140, 170, 53]
neighbours_resi_number = []
structure = PDBParser().get_structure('X', "1xxx.pdb")
atom_list = Selection.unfold_entities(structure, 'A')
ns = NeighborSearch(atom_list)
all_neighbors = ns.search_all(10.0, "R")
for residuepair in all_neighbors:
resi_number = residuepair[0].id[1]
if resi_number in centerResidueList:
resi_number_partner = residuepair[1].id[1]
neighbours_resi_number.append(resi_number_partner)首先，如何只使用CA原子创建atom_list？
第二，residuepair[0].id[1]是否是生成剩余数的正确方法(它可以工作，但是是否有一种方法可以得到这一点)？
最后，是否有更好的解决办法来实现这一点？
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2014-03-18 16:14:29
使用NeighborSearch绝对是正确的主意--它构造了一个k-d树，它对最近的邻居执行非常快速的查找。
如果您只需要搜索几个残余物，我将对这些残余物的原子使用search()方法(也许只是它们的CA原子的速度)。这将比使用search_all()然后过滤更有效。我会回答你的两个问题，然后在底部提供一个完整的解决方案。
我如何才能仅仅使用CA原子创建atom_list？
您可以使用filter，也可以使用列表理解(我认为列表理解更易读)：
atom_list = [atom for atom in structure.get_atoms() if atom.name == 'CA']第二，
residuepair[0].id[1]是否是生成剩余数的正确方法(它可以工作，但是是否有一种方法可以得到这一点)？
这绝对是正确的方法。但是(这是一个重要的警告)，请注意，这不会处理插入码的残余物。为什么不自己处理Residue对象呢？
我的代码：
from Bio.PDB import NeighborSearch, PDBParser, Selection
structure = PDBParser().get_structure('X', "1xxx.pdb")
chain = structure[0]['A'] # Supply chain name for "center residues"
center_residues = [chain[resi] for resi in [100, 140, 170, 53]]
center_atoms = Selection.unfold_entities(center_residues, 'A')
atom_list = [atom for atom in structure.get_atoms() if atom.name == 'CA']
ns = NeighborSearch(atom_list)
# Set comprehension (Python 2.7+, use `set()` on a generator/list for < 2.7)
nearby_residues = {res for center_atom in center_atoms
for res in ns.search(center_atom.coord, 10, 'R')}
# Print just the residue number (WARNING: does not account for icodes)
print sorted(res.id[1] for res in nearby_residues)页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/22476337
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