用ape绘制R中的相同序列
用ape绘制R中的相同序列
提问于 2014-04-02 00:11:26
你好，我有系统发育树的深层测序数据。问题是，很多序列是相同的，所以我想让那些有x个相同序列的节点用一个大小为x的圆来表示，这在R中很容易用APE软件包来表示。问题是，我有两组序列，我想要不同的颜色。例如，在节点1，30%的相同序列来自第1组，70%来自第2组。理想情况下，节点上的这些圆圈实际上是饼形图，显示不同的表示，但我不知道如何计算矢量来喂养猿。有什么想法吗？
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发布于 2014-04-02 07:13:07
使用一个简单的例子：
owl <- read.tree(text="owls(((Strix_aluco:4.2,Asio_otus:4.2):3.1,Athene_noctua:7.3):6.3,Tyto_alba:13.5);")
piedata <- cbind(c(10,50,75),c(90,50,25))你需要的是：
1)知道节点的坐标
2)能够在现有地块中绘制饼图
对于第一部分，plot.phylo碰巧将所使用的坐标保存在内存中：
plot(owl)
owl.info <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
str(owl.info)
List of 20
$ type : chr "phylogram"
$ use.edge.length: logi TRUE
$ node.pos : num 1
$ show.tip.label : logi TRUE
$ show.node.label: logi FALSE
$ font : num 3
$ cex : num 1
$ adj : num 0
$ srt : num 0
$ no.margin : logi FALSE
$ label.offset : num 0
$ x.lim : num [1:2] 0 17.7
$ y.lim : num [1:2] 1 4
$ direction : chr "rightwards"
$ tip.color : chr "black"
$ Ntip : int 4
$ Nnode : int 3
$ edge : int [1:6, 1:2] 5 6 7 7 6 5 6 7 1 2 ...
$ xx : num [1:7] 13.6 13.6 13.6 13.5 0 6.3 9.4
$ yy : num [1:7] 1 2 3 4 3.12 ...xx和yy是tips+nodes的坐标(它们的编号对应于phylo对象的edge元素中的编号)。在这里，我们的内部节点是节点5到7。
对于第二个点包，plotrix附带了一个方便的floating.pie函数。
所以在这里：
plot(owl)
owl.info <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
for(i in 1:nrow(piedata)){
floating.pie(owl.info$xx[4+i],
owl.info$yy[4+i],
piedata[i,],
col=c("red","blue"),
xpd=TRUE)
}
此外，如果您想根据变量x更改饼图的大小：
x <- c(3,6,2)
plot(owl)
owl.info <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
for(i in 1:nrow(piedata)){
floating.pie(owl.info$xx[4+i],
owl.info$yy[4+i],
piedata[i,],
radius=x[i]/5
col=c("red","blue"),
xpd=TRUE)
}
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/22799269
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