首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
MCP广场
社区首页 >问答首页 >快速计算整个数据集到每个集群中心的距离

快速计算整个数据集到每个集群中心的距离
EN

Stack Overflow用户
提问于 2014-04-29 16:35:08
回答 1查看 4.7K关注 0票数 1

在一个数据聚类问题中,我有两个numpy数组,X和C,其中X对应于观测,C对应于可以用X中的数据形成的集群中心。它们都有相同数量的列(特性),但C通常比X少得多。我试图找到一种快速计算X中每个观测值与C中所有中心之间最小平方距离的方法。在简单的python中,这可以写成这样。

代码语言:javascript
运行
复制
D2 = np.array([min([np.inner(c-x,c-x) for c in C]) for x in X])

这太慢了,所以我决定通过多做来提高速度

代码语言:javascript
运行
复制
D2 = np.array([min(np.sum((C-x)**2, axis=1)) for x in X])

相反,但我对执行时间还不满意,而且由于for循环仍然存在,我相信还有希望。有没有人知道如何进一步减少这方面的过剩时间?

对于好奇的人,我用这个来通过K-Means++算法为K-Means生成种子。

EN

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2014-04-29 16:38:05

使用numpy/scipy堆栈最快的是一个专门的函数,它就是用于这个目的的scipy.spatial.distance.cdist

scipy.spatial.distance.cdist(XA, XB, metric='euclidean', p=2, ...) 计算两个输入集合的每对之间的距离。

还值得注意的是,also还提供了kmeans聚类。

scipy.cluster.vq.kmeans

票数 3
EN
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/23370379

复制
相关文章

相似问题

领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档