在一个数据聚类问题中,我有两个numpy数组,X和C,其中X对应于观测,C对应于可以用X中的数据形成的集群中心。它们都有相同数量的列(特性),但C通常比X少得多。我试图找到一种快速计算X中每个观测值与C中所有中心之间最小平方距离的方法。在简单的python中,这可以写成这样。
D2 = np.array([min([np.inner(c-x,c-x) for c in C]) for x in X])这太慢了,所以我决定通过多做来提高速度
D2 = np.array([min(np.sum((C-x)**2, axis=1)) for x in X])相反,但我对执行时间还不满意,而且由于for循环仍然存在,我相信还有希望。有没有人知道如何进一步减少这方面的过剩时间?
对于好奇的人,我用这个来通过K-Means++算法为K-Means生成种子。
发布于 2014-04-29 16:38:05
使用numpy/scipy堆栈最快的是一个专门的函数,它就是用于这个目的的scipy.spatial.distance.cdist。
scipy.spatial.distance.cdist(XA, XB, metric='euclidean', p=2, ...)计算两个输入集合的每对之间的距离。
还值得注意的是,also还提供了kmeans聚类。
scipy.cluster.vq.kmeans
https://stackoverflow.com/questions/23370379
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