从Illumina BaseSpace下载数据
从Illumina BaseSpace下载数据
提问于 2014-06-10 14:50:17
我希望能够以fastq格式从BaseSpace下载数据。我知道您可以通过浏览器下载数据，但是我想使用Linux命令行来完成。
我已经在考虑创建API了，但我没有任何经验.
有什么简单的方法可以做到这一点吗？
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2017-05-03 14:02:12
有巴斯蒙特 --一个由Illumina开发的工具--它简化了你想要做的事情。使用basemount，我可以在我的linux机器中挂载我的BaseSpace序列集线器。
例如，当我运行：
mkdir BaseSpace
basemount BaseSpace我得到一个文件夹(BaseSpace)，其目录结构与我的BaseSpace帐户的网站中显示的目录结构相同。然后，要将文件从BaseSpace复制到本地计算机，只需：
cp BaseSpace/path/to/file/fileName /path/in/local/machine/请查看文档，了解如何安装basemount并登录到您的BaseSpace帐户。
Stack Overflow用户
发布于 2014-09-11 17:08:56
我正在使用API做同样的事情，但是这里的脚本似乎是一个对用户友好的包装器，用于相同的内容：
https://github.com/nh13/basespace-invaders
它需要在https://developer.basespace.illumina.com/上选择“创建新应用程序”时收到的凭据；这并不困难，上面github的自述页面有一些说明。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/24144065
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