在ImageJ中应用程序和代码的不同结果
在ImageJ中应用程序和代码的不同结果
提问于 2014-07-23 20:24:48
当我试图使用ImageJ进行图片分析并试图计算孔隙度时，我的问题就出现了。
我记录了宏，并在java中运行相同的过程。这两次处决的结果是不同的，我不知道为什么。你能帮忙吗？
我试图再次使用ImageJ API编写代码。我运行的两个示例如下所示：
ImagePlus imp = new ImagePlus();
imp = IJ.openImage("path_to_image");
int measurements = Measurements.AREA + Measurements.MEAN +Measurements.STD_DEV + Measurements.AREA_FRACTION;
ResultsTable rt = new ResultsTable();
Analyzer analyzer = new Analyzer(imp, measurements, rt);
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
System.out.println(rt.MIN);并且有记录的代码
imp = IJ.openImage("path_to_image");
IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
IJ.run(imp, "Measure", "");回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2014-07-24 09:14:57
您的代码有几个问题：
- 要从
Analyzer获取度量，您需要运行它的measure()方法 - 您正在打印
rt.MIN，这是一个常量，用于定义与度量相对应的默认标题，请参阅源代码。相反，您应该使用ResultsTable#getValueAsDouble(int column, int row)或getValue(String column, int row)来获得您感兴趣的价值。 - 显然你想测量最小值。为此，您应该将
Measurements.MIN_MAX包含到measurements变量中。
您记录的代码似乎是Javascript，而不是ImageJ宏代码，因此下面是一些脚本版本，它们都采用Blobs示例图像(File > Open > Blobs (25K))，设置默认阈值并测量相同的参数。
ImageJ1宏：
run("Blobs (25K)");
setAutoThreshold("Default");
run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
run("Measure");Javascript：
importClass(Packages.ij.IJ);
imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif");
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
IJ.run(imp, "Measure", "");
imp.show();Beanshell (它最接近Java代码)：
import ij.IJ;
imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif");
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
IJ.run(imp, "Measure", "");
imp.show();如果您希望避免对IJ的调用，并使用更低级别的ImageJ API，那么它在Beanshell中的外观如下：
import ij.ImagePlus;
import ij.IJ;
import ij.measure.Measurements;
import ij.measure.ResultsTable;
import ij.plugin.filter.Analyzer;
ImagePlus imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif");
// IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
imp.getProcessor().setAutoThreshold("Default");
// IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
int measurements = Measurements.AREA + Measurements.MEAN + Measurements.MIN_MAX + Measurements.STD_DEV + Measurements.MODE + Measurements.MEDIAN + Measurements.AREA_FRACTION + Measurements.LIMIT;
// IJ.run(imp, "Measure", "");
ResultsTable rt = new ResultsTable();
Analyzer analyzer = new Analyzer(imp, measurements, rt);
analyzer.measure();
Double result = rt.getValue("Min", rt.getCounter() - 1); // get value of interest
IJ.log(result.toString()); // print to log window
// Alternatively, show the full results table
// rt.show("New Results");页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/24920270
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