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提问于 2014-08-12 08:21:45
我试图在两个文件之间找到相交的行。其中一个文件是'Sample_hg19_mapped.bed‘，另一个'intersect.RData’具有与第一个文件相同的数据。
床铺档案：
chrM 16338 16363 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:1112:17158:21371 255 -
chrM 16352 16377 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:1102:7906:41988 255 -
chrM 16352 16377 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:2113:18341:36393 255 -
chrM 16376 16401 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:1310:14517:85268 255 -RData文件：
HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:1310:14517:85268
HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:2113:18341:36393
HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:2113:45341:56393作为输出，它需要给出在RData.file中具有相同值的BED文件行。例如，RData的第一个和第二个值存在于BED文件中，而不存在于第三个文件中，因此在输出中需要这样做：
chrM 16376 16401 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:1310:14517:85268 255 -
chrM 16352 16377 HWI-ST575:220:C2MMMACXX:3:2113:18341:36393 255 -我用这些代码来管理它：
perl -ane '$f=$F[0].$F[1]; print "$k{$f}$_" if $k{$f}; $k{$f}=$_;' Sample_hg19_mapped.bed intersect.RData但是，匹配的行在屏幕上，我希望它们保留在文件中，但我无法生成输出文件。我试了一次，改变了很多：
####!/bin/bash
perl -ane '$f=$F[0].$F[1]';"Sample_hg19_mapped.bed intersect.RData"
if $k{$f};$k{$f}=$_ {
print "$k{$f}$_";
} else {
print "epic fail";
}
open($f, ">", "output.txt")
or die "cannot open > output.txt: $!";
close $f;
print "done\n";但我犯了很多错误，比如：
/var/spool/slurmd/job2572366/slurm_script: line 3: Sample_hg19_mapped.bed intersect.RData: command not found
/var/spool/slurmd/job2572366/slurm_script: line 6: syntax error near unexpected token `}'
/var/spool/slurmd/job2572366/slurm_script: line 6: `} else {'你能帮我吗？非常感谢
回答 4
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2014-08-12 08:31:17
如果命令工作，但输出到屏幕，只需将其重定向到一个文件：
command > output.txt例如：
perl -ane '$f=$F[0].$F[1]; print "$k{$f}$_" if $k{$f}; $k{$f}=$_;' Sample_hg19_mapped.bed intersect.RData > output.txt如果要删除所有空行，可以将next if /^\s*$/;添加到开头：
perl -ane 'next if /^\s*$/; $f=$F[0].$F[1]; print "$k{$f}$_" if $k{$f}; $k{$f}=$_;' Sample_hg19_mapped.bed intersect.RData > output.txt这将跳过任何仅为空白的输入行。
Stack Overflow用户
发布于 2014-08-12 08:33:31
您的代码非常混乱，错误来自那里，不过如果您想要输出到一个文件，您可以这样做：
open (MYFILE, '>>NameOfFile');
print MYFILE $variableStack Overflow用户
发布于 2014-08-12 09:24:45
试一试：
这使用您的RData值作为散列键，然后在床文件中查找它们，将任何匹配打印到“output.txt”。
use strict;
use warnings;
use autodie;
open my $bed, '<', 'in.txt';
open my $rdata, '<', 'Rdata.txt';
my (%bed, %rdata);
while(<$rdata>){
chomp;
$rdata{$_} = 2; # Each line is a key in the hash %rdata
}
open my $out_file, '>', 'output.txt';
while(<$bed>){
chomp;
next unless /chrM/;
my @split = split/\t/;
print $out_file "$_\n" if $rdata{$split[3]}; # will print to output.txt any line where the 4th column matches a key from %rdata
}页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/25259411
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