我有一个35=S (Quote;"Tag=Value")的csv/log文件,我需要将这些速率提取到一个适合数据挖掘的CSV文件中。这并不是严格的修复相关的,它更多的是一个R相关的问题,如何清理一个数据集。
原始消息如下所示:
190=1.1204 ,191=-0.000029,193=20141008,537=0 ,631=1.12029575,642=0.000145,10=56
190=7.20425,191=0.000141 ,537=0 ,631=7.2034485,10=140 , ,
190=1.26237,191=0 ,537=1 ,10=068 , , ,我首先需要获得一个中间数据集,它看起来像这样,其中相同的标记是对齐的。
190=1.1204 ,191=-0.000029,193=20141008,537=0,631=1.12029575,642=0.000145,10=56
190=7.20425,191=0.000141 , ,537=0,631=7.2034485 , ,10=140
190=1.26237,191=0 , ,537=1, , ,10=068这反过来又需要转化为:
190 ,191 ,193 ,537,631 ,642 ,10
1.1204 ,-0.000029,20141008,0 ,1.12029575,0.000145,56
7.20425,0.000141 , ,0 ,7.2034485 , ,140
1.26237,0 , ,1 , , ,068我正在用awk开发bash脚本,但我不知道我能否在R中完成,目前,我最大的挑战是到达中间表。从中间表到最后一个表,我考虑在tidyr包中使用R,特别是函数‘分离’。如果有人能提出更好的逻辑,我会非常感激的!
发布于 2014-10-28 14:51:55
另一种可能性。开头与@Andrie相同的scan,但也使用参数strip.white和na.strings
x <- scan(text = "190=1.1204 ,191=-0.000029,193=20141008,537=0 ,631=1.12029575,642=0.000145,10=56
190=7.20425,191=0.000141 ,537=0 ,631=7.2034485,10=140 , ,
190=1.26237,191=0 ,537=1 ,10=068 , , ,",
sep = ",",
what = "character",
strip.white = TRUE,
na.strings = "")
# remove NA
x <- x[!is.na(x)]然后使用来自colsplit包的dcast和reshape2包:
library(reshape2)
# split 'x' into two columns
d1 <- colsplit(string = x, pattern = "=", names = c("x", "y"))
# create an id variable, needed in dcast
d1$id <- ave(d1$x, d1$x, FUN = seq_along)
# reshape from long to wide
d2 <- dcast(data = d1, id ~ x, value.var = "y")
# id 10 190 191 193 537 631 642
# 1 1 56 1.12040 -0.000029 20141008 0 1.120296 0.000145
# 2 2 140 7.20425 0.000141 NA 0 7.203449 NA
# 3 3 68 1.26237 0.000000 NA 1 NA NA因为你提到了tidyr
library(tidyr)
d1 <- separate(data = data.frame(x), col = x, into = c("x", "y"), sep = "=")
d1$id <- ave(d1$x, d1$x, FUN = seq_along)
spread(data = d1, key = x, value = y)
# id 10 190 191 193 537 631 642
# 1 1 56 1.1204 -0.000029 20141008 0 1.12029575 0.000145
# 2 2 140 7.20425 0.000141 <NA> 0 7.2034485 <NA>
# 3 3 068 1.26237 0 <NA> 1 <NA> <NA>这保留了作为character的值。如果您想要numeric,可以在spread中设置convert = TRUE。
发布于 2014-10-28 13:57:15
编辑。只使用基本R函数的完整解决方案:
dat <- scan(sep=",", what="character", text="190=1.1204 ,191=-0.000029,193=20141008,537=0 ,631=1.12029575,642=0.000145,10=56
190=7.20425,191=0.000141 ,537=0 ,631=7.2034485,10=140 , ,
190=1.26237,191=0 ,537=1 ,10=068 , , ,")
dat <- gsub(" ", "", dat)
dat <- dat[dat != ""]
x <- as.data.frame(
matrix(
unlist(
sapply(dat, strsplit, split = "=", USE.NAMES=FALSE)
),
ncol=2, byrow=TRUE
)
)
z <- unstack(x, V2 ~ V1)结果对象是接近您所需的命名列表。如果需要,您将不得不做一些额外的工作来将其转换为矩阵。
$`10`
[1] "56" "140" "068"
$`190`
[1] "1.1204" "7.20425" "1.26237"
$`191`
[1] "-0.000029" "0.000141" "0"
....
etc. 从这里开始,您只需使用适当数量的NA值填充列表:
maxLength <- max(sapply(z, length))
sapply(z, function(x)c(as.numeric(x), rep(NA, maxLength - length(x))))给予:
10 190 191 193 537 631 642
[1,] 56 1.12040 -0.000029 20141008 0 1.120296 0.000145
[2,] 140 7.20425 0.000141 NA 0 7.203449 NA
[3,] 68 1.26237 0.000000 NA 1 NA NAhttps://stackoverflow.com/questions/26609810
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