问如何将fasta文件(.fa)转换为用于转录组组装的gtf文件

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我很肯定我在你的问题中遗漏了一些信息，但快速搜索显示，这似乎是不容易实现的。

在这个职位中，“您不能严格地将fasta转换为gff，因为fasta包含序列信息，而gff包含位置信息。”

考虑到gff和gtf格式的相似性，fasta到gtf不太可能轻易完成。

作为将来的参考，你应该提供更多的信息来帮助人们回答你的问题：

1. 你做了什么让你自己来回答这个问题？
2. 样本数据(即gtf和fasta格式如何与某些输入和预期输出进行比较)。

还不清楚为什么要选择unix和python标记来解决这个问题。这些都是很好的工具，可以肯定，但与你的问题无关。