问如何让Eclipse导出文件到与其源不同的位置？

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我正在用Bukkit编写一个Eclipse插件，在这个插件中，我将不同的函数分离到不同的包中，并将每个包作为自己的jar文件导出。

但是，我仍然希望将这些包保存在同一个项目中，而不是将它们分离到不同的Eclipse项目中。这些插件都有必须位于jar文件根目录中的文件，例如plugin.yml。我已经将每个jar文件移动到各自的包中，但是这些文件被放入plugin.jar\com\Preston159\plugin中，而不是放在jar文件(plugin.jar\)的根目录中，从而导致插件无法工作。

Eclipse是否有任何功能使这些文件自动压缩到jar文件的根中，即使它们包含在源代码中的包中，或者，这是我可以通过使用Maven解决的问题吗？我目前解决这个问题的解决方案是在导出jar之后手动移动文件，但这正变得越来越烦人。

编辑：

我最后用来完成此任务的项目生成器XML可以找到这里。