问编辑PHP文件中的终止行消失

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在编辑完javascript和php文件后，没有一个端点被保存到我的javascript和php文件中，这是我唯一的问题。

我已经下载了我的网站，javascript和php文件使用ftp，以便我可以编辑他们。我在Notepad++中编辑了它们，然后重新上传。所有的新代码都失败了，因为我添加的所有新代码中都没有端点行，只有一行长，所以有些行中有注释，这会导致语法错误。

是什么会导致这样一个奇怪的问题？

重要信息：

• 已编辑文件中的现有代码具有正确的尾行/格式。这只是新添加的代码/文本。
• 每个文件都是UTF8编码的，没有BOM。我没有设置这个编码，这就是它们来自filezilla的方式。
• 我在Windows 8.1上
• 在Notepad++内部，文件看上去很好，带有尾行和正确的格式。当我在Chrome的源代码浏览器中查看这些文件时(例如，javascript文件)，它会显示所有新代码都在一行上，没有任何新行(原始代码有所有的新行，奇怪的是)。
• 如果我在/n中搜索编辑过的文件中的字符Notepad++，它只会在现有代码行中找到端点字符，而不会在我的新代码中找到端点字符，即使新代码显示在不同的行中。真是个奇怪的问题。