如何在R中的4个数据帧之间只保留公共行名？
如何在R中的4个数据帧之间只保留公共行名？
提问于 2015-05-08 19:14:00
我有4个基因数据框架，每个数据框架都有基因名作为行和大约20列样本数据。因此，每个矩阵都有一定数量的行(基因)：
- A: 10,000个基因
- B: 15,000个基因
- C: 35,000个基因
- D: 12,000条基因
下面是我尝试过的，它没有选择9,000个公共行(基因)的完整列表
Data_A = read.csv("matrix_A.csv");
Data_B = read.csv("matrix_B.csv");
Data_C = read.csv("matrix_C.csv");
Data_D = read.csv("matrix_D.csv");
Expr_A = as.data.frame(t(Data_A[, -c(1:8)]))
Expr_B = as.data.frame(t(Data_B[, -c(1:8)]))
Expr_C = as.data.frame(t(Data_C[, -c(1:8)]))
Expr_D = as.data.frame(t(Data_D[, -c(1:8)]))
commonGenes1 = intersect (rownames(Data_A),rownames(Data_D))
commonGenes2 = intersect (rownames(Data_B),rownames(Data_D))
commonGenes3 = intersect (rownames(Data_C),rownames(Data_D))
Data_A = Data_A[commonGenes1,]
Data_B = Data_B[commonGenes2,]
Data_C = Data_C[commonGenes3,]他们都有9000个共同的基因，尽管数据太大了，我不能用Excel来做这件事。我用R来处理数据，有没有办法在R中的4个数据帧之间选择共同的基因？
这4个矩阵的一个例子如下：http://www.filedropper.com/matrixexample
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2015-05-08 19:39:59
让我们把事情列在一个列表中(正如你的标题所示)，这是一个很好的实践。
list_of_data = list(Data_A, Data_B, Data_C, Data_D)
## for demo purposes, you can use
# list_of_data = list(mtcars[1:6, ], mtcars[4:9, ])
# this will get the intersection of the row.names for everything in the list
common_names = Reduce(intersect, lapply(list_of_data, row.names))
list_of_data = lapply(list_of_data, function(x) { x[row.names(x) %in% common_names,] })感谢@eipi10 10为列表中的每个数据帧筛选行提供了更好的方法。查看修改历史为一个跛脚的循环。
Stack Overflow用户
发布于 2015-05-08 19:55:23
那这个呢？
# Create some fake data:
set.seed(123)
m1 <- cbind(sample(1:5), round(rnorm(5),2))
m2 <- cbind(sample(1:5), round(rnorm(5),2))
m3 <- cbind(sample(1:5), round(rnorm(5),2))
m4 <- cbind(sample(1:5), round(rnorm(5),2))
rownames(m1) <- LETTERS[sample(1:10, 5)]
rownames(m2) <- LETTERS[sample(1:10, 5)]
rownames(m3) <- LETTERS[sample(1:10, 5)]
rownames(m4) <- LETTERS[sample(1:10, 5)]
ind <- sapply(list(m1,m2,m3), function(x) intersect(rownames(x), rownames(m4)))
mapply(function(x, y) x[rownames(x) %in% y,], x = list(m1,m2,m3), y = ind)
[[1]]
[,1] [,2]
A 4 1.24
D 5 -0.11
E 1 0.18
[[2]]
[,1] [,2]
E 5 1.22
C 2 -0.56
[[3]]
[,1] [,2]
A 2 -0.22
C 1 -0.33页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/30131251
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