在胞景中可视化clr网络
在胞景中可视化clr网络
提问于 2015-05-31 09:33:58
有人知道我如何从生成一个clr网络开始，用cystoscape很好地可视化网络吗？我使用minet包生成clr网络，如下所示：
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("minet")
library(Rgraphviz)
library(minet)
data(syn.data)
mim <- build.mim(syn.data,estimator="spearman")
#net<-minet(syn.data,"mrnet","mi.shrink","equalwidth",10)
net <- clr( mim, skipDiagonal=1 )
graph <- as(net, "graphNEL")上面的代码可视化了我的rstudio中的网络，但是我希望有一个更好看的网络，在这个网络中，我也可以有着色节点的灵活性。谢谢
回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2015-06-09 10:21:10
您有邻接矩阵，其中row.names和col是您的基因。然后，应该将此矩阵文件转换为边缘列表文件：
graph_adj=as.data.frame(as.table(as.matrix(net)))
write.table(graph_adj, "graph_adj.txt", sep="\t")现在您可以在excel中打开该文件，编辑它，并最终导入到胞盘。
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https://stackoverflow.com/questions/30555910
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