问Php+MySql应用程序的慢响应

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我正在运行一个聊天室([医]佛氏)与mysql+php。我有一个专用的服务器来运行这个脚本，因为它可以消耗大量的资源。它对100个并发用户都很好。然而，最近有一个用户威胁我们要杀死这个聊天室，他正在成功地这样做：

只有40个用户，聊天室已经死了。传递一条信息需要10-20秒。MySql消耗了300%的CPU。然而，对于100个用户(当它没有受到攻击时)，聊天室只使用200-300%的CPU。我检查了下面的内容，以确保他没有使用/DDoSing我们的服务器。

1 - Limited 3 requests per seconds.
2 - Analyzed access.log to see any weird activity or CRLF slow attacks. There is none.
3 - Looked per IP connections using netstat command and none has lots of connections. 
4 - I disabled ping of death

服务器上的静态网站即使在受到攻击时也能正常工作。我假设他正在通过聊天室利用mysql发送许多请求。我运行了以下查询来查看到mysql的当前连接：

SHOW STATUS WHERE `variable_name` = 'Threads_connected'

结果只有7个看起来很正常。还有其他的步骤可以阻止他的攻击和保护我的服务器(聊天室)吗？