如何优化运行4**k次的python脚本？
如何优化运行4**k次的python脚本？
提问于 2015-06-27 07:13:26
编程语言:Python3.4
我已经写了一个程序，为生物信息学1课程从库瑟拉。该程序运行良好，但对于大型数据集来说非常慢。我想，这是因为循环运行了4**k次，其中k是传递给函数的子字符串的长度。输入:字符串、文本和模式以及整数d。输出:模式作为文本的子字符串出现的所有起始位置，最多不匹配d。
这是我的密码：
def MotifCount(string1, substring, d):
k = 4 ** (len(substring))
codeArray = list(itertools.product(['A', 'C', 'G', 'T'], repeat=len(substring)))
for i in range(k):
codeArray2 = ''.join(list(codeArray[i]))
HammingValue = HammingDistance(codeArray2, substring)
if HammingValue <= d:
for j in range(len(string1)):
if(string1.find(codeArray2, j) == j):
print(j)
def HammingDistance(string_1, string_2):
length_1 = len(string_1)
length_2 = len(string_2)
count = 0
for i in range(length_1):
if string_1[i] != string_2[i]:
count += 1
return count示例输入：
CGCCCGAATCCAGAACGCATTCCCATATTTCGGGACCACTGGCCTCCACGGTACGGACGTCAATCAAAT
ATTCTGGA
3输出：
6 7 26 27我想为更大的数据集优化这段代码。有什么方法可以减少代码的运行时间吗？
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2015-06-27 08:32:53
import itertools
def HammingDistance(string_1, string_2):
assert len(string_1) == len(string_2)
return sum(c1 != c2 for c1, c2 in zip(string_1, string_2))
def MotifCount(string1, substring, d):
for i in range(len(string1) - len(substring) + 1):
if HammingDistance(string1[i:i+len(substring)], substring) <= d:
print(i)
MotifCount("CGCCCGAATCCAGAACGCATTCCCATATTTCGGGACCACTGGCCTCCACGGTACGGACGTCAATCAAAT", "ATTCTGGA", 3)它规定：
6
7
26
27快点。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/31086204
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