链接data.frame与矩阵
链接data.frame与矩阵
提问于 2015-07-01 09:40:35
我有一个data.frame和一个matrix，它们有相同的行和不同的列数。
matrix中的所有元素都是整数，但data.frame在某些列中包含字符。
我想链接这些文件的行，也就是说，如果我删除了matrix中的一行，那么data.frame中的同一行就会被自动删除，或者当我用它的一列对data.frame的元素排序时，矩阵中的元素就会相应地排序。
添加注意:我想保持matrix作为整数矩阵，所以我不能使用cbind。
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2015-07-01 12:16:24
对此有(至少)两种解决方案。简单的选择是创建一个新的data.frame，其中包括这样的两行：
样本数据
set.seed(123)
df <- data.frame(ID = 1:26, Group = sample(c("A", "B"), 26, TRUE))
mat <- matrix(rnorm(78), ncol = 3, dimnames = list(1:26, paste0("Val", 1:3)))创建新的data.frame，存储矩阵列的名称以供以后参考：
new_df <- cbind(df, mat)
mat_cols <- colnames(mat)做一些补充：
new_df <- new_df[seq(1, 25, 2), ]在需要时将矩阵提取出来：
as.matrix(new_df[, mat_cols])另一种选择是使用S3或S4类。例如，生物导体包Biobase有一个ExpressionSet类，它可以保存matrix和表型数据，并且可以对两者进行子集(尽管矩阵具有相反的行和列)。
如果您想做得更简单一些(ExpressionsSet的实现可能比较复杂)，下面是一个S3实现：
as.JoinedUp <- function(data_frame, matrix) {
stopifnot(is.data.frame(data_frame), is.matrix(matrix), nrow(data_frame) == nrow(matrix))
x <- list(data_frame = data_frame, matrix = matrix)
class(x) <- "JoinedUp"
x
}
`[.JoinedUp` <- function(x, i = NULL, j = NULL) {
if (is.null(i)) {
i <- 1:nrow(x$data_frame)
}
if (is.null(j)) {
j <- union(colnames(x$data_frame), colnames(x$matrix))
}
stopifnot(is.character(j))
x$data_frame <- x$data_frame[i, intersect(j, colnames(x$data_frame)), drop = FALSE]
x$matrix <- x$matrix[i, intersect(j, colnames(x$matrix)), drop = FALSE]
x
}
`[<-.JoinedUp` <- function(x, i = NULL, j = NULL, value) {
if (is.null(j)) {
j <- union(colnames(x$data_frame), colnames(x$matrix))
}
if (is.null(i)) {
i <- 1:nrow(x$data_frame)
}
stopifnot(is.character(j))
if (!is.matrix(value) & !is.data.frame(value)) {
value <- as.data.frame(t(value), stringsAsFactors = FALSE)
}
stopifnot(ncol(value) == length(j))
if (any(j %in% colnames(x$data_frame))) {
df_cols <- intersect(j, colnames(x$data_frame))
x$data_frame[i, df_cols] <- value[, match(df_cols, j)]
}
if (any(j %in% colnames(x$matrix))) {
mat_cols <- intersect(j, colnames(x$matrix))
x$matrix[i, mat_cols] <- data.matrix(value[, match(mat_cols, j)])
}
x
}示例：
new_obj <- as.JoinedUp(df, mat)
new_obj[1:3, ]
new_obj[, c("ID", "Val1")]
new_obj[10:15, ]$matrix
new_obj <- new_obj[order(new_obj$matrix[, "Val1"]), ]
new_obj[1:5, c("ID", "Val1")] <- data.frame(ID = 20:24, Val1 = 0)这只是您需要的一个框架；您可能还想为dim、nrow、ncol等定义方法。
Stack Overflow用户
发布于 2015-07-01 09:57:42
试试这个例子：
#dummy data
set.seed(123)
df1 <- data.frame(ID=1:3, x=letters[1:3])
m1 <- matrix(c(1:3,runif(6)), ncol=3)
#cbind data.frame and matrix, results in a data.frame object
res <- cbind(df1, m1)
res
# ID x 1 2 3
# 1 1 a 1 0.2875775 0.8830174
# 2 2 b 2 0.7883051 0.9404673
# 3 3 c 3 0.4089769 0.0455565
#subset 2nd row
res[ 2,]
# ID x 1 2 3
# 2 2 b 2 0.7883051 0.9404673
#order by 4th column
res[ order(res[ ,4 ]), ]
# ID x 1 2 3
# 1 1 a 1 0.2875775 0.8830174
# 3 3 c 3 0.4089769 0.0455565
# 2 2 b 2 0.7883051 0.9404673页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/31157791
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