如何在r中循环进行t-学生测试？
如何在r中循环进行t-学生测试？
提问于 2015-07-18 17:52:05
我是R的新手，我想做一些非常简单的事情，但我需要帮助。
我有一个类似于上面的数据库，其中spot number =蛋白质的"name“，grupo =I和II组和APF =荧光读数。我想通过比较I组和II组，但在一个循环中，对每种蛋白质做一次学生测试。
在上面的数据库中，只有一个蛋白质(147)，但在我真正的数据库中，我有444个蛋白质。
回答 2
Stack Overflow用户
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发布于 2015-07-18 22:25:13
首先是一些假数据：
set.seed(0)
Spot.number <- rep(147:149, each=10)
grupo <- rep(rep(1:2, each=5), 3)
APF <- rnorm(30)
gel <- data.frame(Spot.number, grupo, APF)
> head(gel)
Spot.number grupo APF
1 147 1 2.1780699
2 147 1 -0.2609347
3 147 1 -1.6125236
4 147 1 1.7863384
5 147 1 2.0325473
6 147 2 0.6261739您可以使用lapply循环gel的子集，并由Spot.number拆分。
tests <- lapply(split(gel, gel$Spot.number), function(spot) t.test(APF ~ grupo, spot))或者只是
tests <- by(gel, gel$Spot.number, function(spot) t.test(APF ~ grupo, spot))然后，您可以转到例如，只取p值：
sapply(tests, "[[", "p.value")
# 147 148 149
#0.2941609 0.9723856 0.5726007 或置信区间
sapply(tests, "[[", "conf.int")
# 147 148 149
# [1,] -0.985218 -1.033815 -0.8748502
# [2,] 2.712395 1.066340 1.4240488得到的向量或矩阵已经有了Spot.number作为名称，这是非常有用的。
Stack Overflow用户
发布于 2015-07-18 19:43:16
您可以使用t.test和my 扫帚包在每个组中执行一个扫帚。如果您的数据存储在一个名为dat的数据框架中，您可以这样做：
library(dplyr)
library(broom)
results <- dat %>%
group_by(Spot.number) %>%
do(tidy(t.test(APF ~ grupo, .)))这可以通过对由t.test(APF ~ grupo, .)定义的每个组执行Spot.number。然后，tidy函数将其转换为一行数据帧，以便重新组合。然后，results数据框架将包含每种蛋白质一行(Spot.number)，列包括estimate、statistic和p.value。
有关dplyr和broom组合的更多信息，请参见这个小故事。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/31493893
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