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问->树状图-> phylo？
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Stack Overflow用户

提问于 2015-08-12 18:32:02

回答 1查看 1.8K关注 0票数 0

我有具有数百个节点和长标签的hclust层次化集群对象。例如，一个家族中多个基因的同义词。见下文。

我想把hclust切成更小的子树，然后用灵活的风格将它们可视化。在http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html之后，我看到了如何切割树状图和漂亮的类人猿进化树.

我看不出有什么方法可以把切割的树状图转换成phylo对象。

> as.phylo(as.dendrogram(hc))
Error in UseMethod("as.phylo") : 
  no applicable method for 'as.phylo' applied to an object of class "dendrogram"

我对任何呈现圆形或垂直方向子树的方法都是开放的。

--事实上，我的目标是直观地检测基因同义词中的模式，这样我就可以为它们编写类似于 八字胡 模板的东西，所以我甚至对不涉及树状图的解决方案持开放态度。有几篇关于纯文本的多序列比对的帖子，但它们有点超出了我的头脑。

> receptor.synonyms
                                 synonym
1                alpha1B-adrenergic receptor
2                                       B1AR
3              adrenergic receptor, alpha 2a
4                                  beta 3-AR
5                                 alpha-2AAR
6                                  alpha2-C4
7                                     Adrb-1
8                                       Badm
9                                  beta 1-AR
10    Adrenergic, alpha2C-, receptor class I
11                     alpha-1D adrenoceptor
12                                 beta 2-AR    
13                       adrenergic receptor
14              alpha-2A-adrenergic receptor
15  Adrenergic, alpha2B-, receptor class III
16            adrenergic, alpha 1B, receptor
17                    &alpha;<sub>2</sub>-C2
18           adrenergic, alpha-1A-, receptor
19                                   ADRARL1
20                     alpha-1B adrenoceptor
--- snip ---

bioinformatics

hierarchical-clustering

dendrogram

dendextend

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2015-08-13 03:28:28

自从您链接到的文章发布以来，已经做了大量工作，使用密度R包通过树状图对象来处理hclust输出。例如，您可以删除带有"prune“函数的标签，在树状图上使用"cutree”，为分支着色，并做许多其他事情。

您可以从post/journal-文章：密度图:用于可视化、调整和比较树状图的软件包(基于“生物信息学”的论文)了解更多关于这个包的信息。

要查看更高级的内容(如圆形图等)，您可以查看软件包的小片段：登德精简介。

票数 1

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/31972832

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