如何根据使用熊猫的标签来分割文件？
如何根据使用熊猫的标签来分割文件？
提问于 2015-08-28 18:12:54
我有一个基因组测序文件，格式如下：
染色体名称(字符串)=位置(int)
所有染色体的数据都存储在一个文件中，我希望
- 将染色体分割成单个染色体数据文件；
- 将染色体名(如“chr1 1”、“x”)转换为整数。
我怎么能和潘达斯一起这么做？
import pandas as pd
df = pd.read_csv('sample.txt', delimiter='\t', header=None)数据如下所示
0 chr1 3000573 0
1 chr1 3000574 3
2 chr2 3000725 1
3 chr2 3000726 4
4 chr3 3000900 1
5 chr3 3000901 0 我还可以通过染色体标签chr1，chr2，.
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2015-08-28 23:26:17
将每个染色体的数据写入一个单独的文件可以很容易地完成，一旦数据被拼接成碎片。不太清楚你所说的“把染色体名转换成整数”是什么意思，但是如果你指的是给定的"chrx“，你想要x作为一个int，这很容易。假设通过"chrn“拥有染色体"chr1”，其中n是整数：
import pandas
df = pandas.read_csv("sample.txt", delimiter="\t", header=None)
df.columns = ["index", "chrid", "location", "readings"]
chrs = []
for chrid in range(1,n):
chr = df.loc[df["chrid"] == "chr"+str(chrid)]
chr["chrid"] = map(lambda x: return int(x[3]), chr["chrid"])
chrs.append(chr)
# chrs is now a list of dataframes, each for individual chromosome data页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/32277350
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