问从Python中执行命令行或R脚本文件时出现问题

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我目前正在使用optparse包，将一个R脚本文件作为接受C样式长和短标志的命令行可执行文件。这个程序正在Ubuntu上运行。整个应用程序的执行由Python脚本控制，该脚本(1)首先使用os.system对script.R文件调用chmod，如下所示：

import os 
os.system("chmod +x script.R; export PATH=$PATH:`pwd`")

然后，我再次尝试使用os.system从Python内部执行程序，如下所示：

program_call = "script.R --arg1 1"
os.system(program_call) 

这将返回错误：

sh: 1: script.R: not found
32512

真正令人费解的是，就在一天前，这件事还很好，现在它正在走样。我正在和其他几个人一起开发这个应用程序，所以我想知道这是否是由我的管理权限的改变引起的。我已经验证了所有必要的文件都包含在当前的工作目录中。