为包含动态数组的结构创建MPI类型
为包含动态数组的结构创建MPI类型
提问于 2015-10-03 23:28:58
我试图发送一个结构，其中一个成员作为动态数组，但这个数组似乎没有正确发送。对怎么做有什么建议吗？
这就是我所拥有的：
struct bar
{
int a;
int b;
int* c;
};
void defineMPIType(MPI_Datatype* newType, int cLen, struct bar* msg)
{
int blockLengths[3] = {1, 1, cLen};
MPI_Datatype types[3] = {MPI_INT, MPI_INT, MPI_INT};
MPI_Aint offsets[3];
MPI_Aint addrB, addrC;
MPI_Address(&(msg->b), &addrB);
MPI_Address(msg->c, &addrC);
offsets[0] = offsetof(struct bar, a);
offsets[1] = offsetof(struct bar, b);
offsets[2] = addrC - addrB;
MPI_Type_create_struct(3, blockLengths, offsets, types, newType);
MPI_Type_commit(newType);
}
void main(int argc, char* argv[])
{
MPI_Init(&argc, &argv);
int rank, p;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p);
int cLen = argv[0];
MPI_Datatype MPI_BAR_TYPE;
struct bar* msg = malloc(sizeof(*msg));
msg->c = malloc(sizeof(int) * cLen);
defineMPIType(&MPI_BAR_TYPE, cLen, msg);
if (rank == 0)
{
msg->a = 1;
msg->b = 2;
for (int i = 0; i < cLen; ++i)
msg->c[i] = i;
MPI_Send(msg, 1, MPI_BAR_TYPE, 1, 111, MPI_COMM_WORLD);
}
else
{
MPI_Status stat;
MPI_Recv(msg, 1, MPI_BAR_TYPE, 0, 111, MPI_COMM_WORLD, &stat);
}
printf("Rank %d has c = [", rank);
for (int i = 0; i < cLen; ++i)
printf("%d, ", msg->c[i]);
printf("]\n");
free(msg);
MPI_Type_free(&MPI_BAR_TYPE);
MPI_Finalize();
}a和b成员被正确发送，但c没有。
Stack Overflow用户
发布于 2015-10-04 13:50:48
您的代码中存在一些问题，甚至忽略了类型本身的问题：
- 首先，您只在进程#0上为您的
c数组分配内存，然后您(尝试)将这些数据发送到进程#1，但是进程#1没有为存储消息分配任何内存。因此，即使发送的方式是正确的，代码也会失败。 - 以
MPI_开头的名称是为MPI库保留的，因此您不能随意使用它们。您必须为您的MPI_BAR_TYPE找到另一个名称。 - 这一行让我有些困惑：
int cLen = argv[0];，我想您想要从命令行读取要分配的数组的大小，在这种情况下，可能应该读取类似于int clen = atoi(argv[1]);的内容(忘记了需要正确处理的有效性测试.) - 您只测试该进程是否为0级，这意味着如果由于某种原因启动了3个进程，那么第2级进程将永远等待来自级别#0的进程的消息，而该消息永远不会到达。
- 最后，数组本身:在您的代码中，指针
c和c指向的数据之间存在很大的混淆。结构嵌入指针，但不嵌入指向的内存。所以您不能映射到MPI结构中相应的数据..。最明显的原因是，从一个调用到下一个调用(或从一个进程到下一个进程)，无法保证c所指向的结构地址和数据地址的偏移将是相同的(实际上，几乎可以保证它将有所不同)。所以你不能可靠地映射它们。
因此，为了解决问题，您需要做的是一次只传输两个整数a和b (如果需要的话可能创建一个MPI结构来传输它们的数组)。然后，您将传输c所指向的内存，您将事先分配这些内存。
例如，您的代码可以变成：
#include <mpi.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
struct bar
{
int a;
int b;
int* c;
};
void defineMPIType( MPI_Datatype* newType ) {
struct bar tmp[2];
MPI_Aint extent = &tmp[1] - &tmp[0];
MPI_Type_create_resized( MPI_2INT, 0, extent, newType );
MPI_Type_commit( newType );
}
int main( int argc, char* argv[] ) {
MPI_Init(&argc, &argv);
int rank, p;
MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &rank );
MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &p );
int cLen = atoi( argv[1] );
MPI_Datatype Bar_type;
defineMPIType( &Bar_type );
struct bar msg;
msg.c = ( int* ) malloc( sizeof( int ) * cLen );
if ( rank == 0 ) {
msg.a = 1;
msg.b = 2;
for ( int i = 0; i < cLen; ++i ) {
msg.c[i] = i;
}
MPI_Send( &msg, 1, Bar_type, 1, 111, MPI_COMM_WORLD );
MPI_Send( msg.c, cLen, MPI_INT, 1, 222, MPI_COMM_WORLD );
}
else if ( rank == 1 ) {
MPI_Recv( &msg, 1, Bar_type, 0, 111, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE );
MPI_Recv( msg.c, cLen, MPI_INT, 0, 222, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE );
}
printf("Rank %d has a = %d, b = %d, c = [", rank, msg.a, msg.b );
for ( int i = 0; i < cLen - 1; ++i ) {
printf( "%d, ", msg.c[i] );
}
printf( "%d]\n", msg.c[cLen - 1] );
free( msg.c );
MPI_Type_free( &Bar_type );
MPI_Finalize();
return 0;
}这意味着：
$ mpirun -n 2 ./a.out 3
Rank 0 has a = 1, b = 2, c = [0, 1, 2]
Rank 1 has a = 1, b = 2, c = [0, 1, 2]MPI编码愉快。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/32928523
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