‘'ape’系统发育障碍-警告信息，数据与树的顺序不同
‘'ape’系统发育障碍-警告信息，数据与树的顺序不同
提问于 2015-10-19 14:49:45
你好-我正在进行蜥蜴数据的系统发育分析。我在R中的“ape”包中导入了一棵系统发育树，其中有两种是我丢失的数据，因此我使用drop.tip函数将树数据与物种特征数据进行匹配：
tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Green”)
tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Brown”)然而，当我尝试运行一个系统发生的gls时，我会得到一个警告/错误消息。下面是代码和发生的情况：
tree <- tree.anole
bm.anole <- corBrownian(phy=tree)
XY <- data.frame(Y, X)
Z <- gls(Y ~ X, correlation=corBrownian(phy=tree), data = XY
Warning message:
In Initialize.corPhyl(X[[1L]], …) :
Rownames in data frame do not match tree tip names; data taken to be in the same order as in tree我猜gls函数没有考虑到前面提到的drop.tip命令。是否有一种方法对此进行编码，以便使gls将数据帧与树相匹配，同时计算缺少数据的两个物种？提前谢谢。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2015-10-19 15:19:25
阅读错误信息:它说你的数据文件的行名与你的树的顶端名称不匹配。这是因为你的数据文件没有行名。您可以使用row.names(XY) <-设置行名，并提供名称的向量。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/33217495
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