Matlab Parfor循环不工作
我正在用fminsearch为几个数据集拟合一个模型，并试图并行地完成它们。我的代码一直运行到parfor循环的开始，但是-- parfor循环--似乎要花费永远的才能启动！( parfor中的第一行未执行)。没有错误，matlab只是“忙”。
我运行在带有4个核心的本地集群上，从matlabpool 4开始，它似乎启动得很好。我在Ubuntu14.04.3上运行Matlab R2014b 64位，8核i7-3770K @ 3.50GHz，24 course(当然大部分是未使用的)。
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这里是再现问题的代码！
文件matlab_parfor_test_2
function f=matlab_parfor_test_2
f={};
for i=1:400
a=@(p)i*p; % make some functions depending on i
b=@(p)a(p)+0; % a function depending on this
f=[f { @(p)b(p) }]; % create a list of i functions using this
end文件matlab_parfor_test_1
function matlab_parfor_test_1
f=matlab_parfor_test_2(); % create the functions
f=f(1:2); % discard all but two functions
for i=1:2 % for each function ('A')
parfor j=1 % dummy parfor
tmp=f{i}; % just read a function from the cell ('B')
end
end从'A‘到第一个'B’的时间。在我的机器上“输入”parfor的时间是
returning 400 functions: 20 sec
500 functions: 32 sec
600 functions: 45 sec
700 functions: 64 sec这很奇怪，因为在test_1中，除了两个函数之外，我放弃了所有这些函数！为什么被丢弃的函数会导致减速？
我想，也许matlab实际上并没有删除f中不需要的函数。所以我试着用
f={f{1}, f{2}}; 但这也无济于事。
如果我用parfor替换for，那么当然需要1ms以下的时间才能执行。
有什么主意吗？
旧版本的问题
function fit_all
models = createModelFunctions(); % creates cell of function handles
data = { [1 2 3], [1 2 3] }; % create 2 data sets
for i = 1:length(models)
fprintf('model %g\n',i);
parfor j = 1:length(data)
fprintf('data %g\n',j);
tmp = models{i}; % if I comment this line out, it runs fine!
% p(j) = fminsearch(@(p)models{j}(p,data{j}), [0 0]);
end
end模型函数在另一个文件中创建，
function models = createModelFunctions()
models{1} = @(p,d) likelihoodfun(0,0,p,d);
models{2} = @(p,d) likelihoodfun(1,0,p,d);
function L = likelihoodfun(a,b,p,d)
L = some maths here;运行fit_all时，我希望看到一个model 1、data 1、data 2、model 2等列表。我得到的输出是
model 1然后事情就停止了:没有提示，matlab说“忙”，UI和OS像往常一样响应。系统监视器显示只有一个核心处于活动状态。它从来没有进入parfor。如果我在此时按ctrl+C键，经过3分钟的延迟，我得到
Operation terminated by user during parallel.internal.pool.serialize (line 21)
In distcomp.remoteparfor (line 69)
serializedInitData = parallel.internal.pool.serialize(varargin);
In parallel_function>iMakeRemoteParfor (line 1060)
P = distcomp.remoteparfor(pool, W, @make_channel, parfor_C);
In parallel_function (line 444)
[P, W] = iMakeRemoteParfor(pool, W, parfor_C);如果我注释掉所显示的行，它就能工作--所以问题似乎是当我访问模型函数时.类似地，如果我将模型更改为
models={@sum,@sum}也就是说，当我使用另一个文件的函数句柄时.
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2016-01-21 20:53:57
当我在我的机器上运行你的代码时，它运行的很好。都在我的Windows和Linux上。但是，第一次运行总是要花费更长的时间，因为您必须打开一个并行池，这就是您所指的吗？如果是这样的话，这是正常和预期的行为。
FYI，你应该使用共享池而不是匹配池。也许拉格西匹配池的代码在创建池时有问题？另外，确保每次都不会关闭您的并行池。
如果所有这些都不起作用，请在别人的计算机上尝试这些代码，看看是否可以重新创建问题。
Stack Overflow用户
发布于 2022-09-27 09:37:39
我以前也遇到过同样的情况。请注意，在使用并行计算时，我们的用户通常无法看到每个工作人员的程序的实时操作。也就是说，只要您的代码尚未完成，当您暂停脚本时，您将始终看到指向parfor循环的第一行的指针，这意味着正在执行参数传递和计算。请减少循环周期的数量，您可能会在短时间内看到预期的结果。
https://stackoverflow.com/questions/33851270
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