我目前正在使用R中的pheatmap从单细胞数据创建基因表达的热图。
我目前遇到的问题是,我似乎不能复制其他热图生成器中使用的相对色标,比如Morpheus:https://software.broadinstitute.org/morpheus/
更详细地说,在Morpheus中,颜色标度可以锚定到每行的最小和最大表达值。例如,假设颜色比例很简单,例如c('dark_blue', 'blue', 'bright_blue', 'white', 'bright_red', 'red', 'dark_red'),我提供了一个矩阵,看起来像t(data.frame(row1=c(0, 1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 11, 12, 13, 14, 15, 16))), Morpheus将在第一行中将颜色设置为0深蓝色和6深红色,而在第二行中,10将是深蓝色,16将是暗红色。然后,颜色条表示每行的相对最小值和最大值。
请注意,这与简单地缩放数据不是一回事,而这正是我在pheatmap中所做的。问题是,如果我有像t(data.frame(row1=c(1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 0, 0, 0, 0, 0)))这样的东西,那么即使缩放数据也不允许6(缩放后约1.34)显示为深红色,因为颜色标度固定在整个热图的最小值(缩放后约-0.41)和最大值(缩放后约2.04)。
我不怀疑有一种简单的方法可以实现这一点,但我无法通过查看基本文档来解决这一问题。我也明白,以这种方式显示热图不会允许基因之间的任何比较,但这对我的使用并不是特别重要。
发布于 2019-01-26 06:34:51
您可以按行缩放数据,如下所示:
mat <- t(data.frame(row1=c(0, 1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 11, 12, 13, 14, 15, 16)))
mat2 <- t(apply(mat, 1, scale))然后pheatmap有参数cluster_cols,您可以将其设置为FALSE。将所有这些放在一起,最终热图中的0和10将变为深蓝色
pheatmap(mat2, cluster_cols = F)

https://stackoverflow.com/questions/54371506
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