问在ImageJ (斐济)宏中设置阈值和批处理

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我知道这已经发布到其他地方了，这并不是一个困难的问题，但是我对在斐济编写宏非常陌生，甚至很难理解各种在线资源中描述的解决方案。

我有一系列的图像都在同一个文件夹中，并希望对它们应用相同的操作，并将结果的excel文件和图像保存在输出文件夹中。具体来说，我想打开，平滑图像，做一个最大强度Z投影，然后阈值图像到相同的相对值。

这个阈值是导致问题的一个步骤。相对值，我的意思是，我想设置阈值，以便包括相同的强度直方图%。目前，在斐济，如果您去image>adjust>threshold，您可以移动滑块，使一定百分比的图像是阈值，它将为您在打开的窗口中显示该值。在我的例子中，98%是我正在努力实现的目标，例如，除前2%的数据外，所有数据都进行了阈值处理。

一旦将阈值应用于MIP，我将其转换为二进制，并进行粒子分析并保存结果(汇总表、结果、图像叠加)。

我的方法是尝试并自动化所有步骤/进行批处理，但是我很难根据在线找到的指令来调整我所写的内容。相反，我只是一个一个地打开目录中的每个图像，然后应用我编写的宏，然后手动保存结果。显然，这是一个乏味的方法，所以任何帮助都将是非常感谢的！

我一直在为我的简单宏使用的内容：

 run("Smooth", "stack");
 run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]");

 setAutoThreshold("Default");
 //run("Threshold...");
 run("Convert to Mask");

 run("Make Binary");
 run("Analyze Particles...", "  show=[Overlay Masks] display exclude clear include summarize in_situ");