如何利用ape (r)中的分类向量进行系统发育无关对比
如何利用ape (r)中的分类向量进行系统发育无关对比
提问于 2016-03-03 23:41:47
我一直在使用R中的ape软件包对猫系统发育的几个生态变量进行系统独立的对比，我想知道如何使用分类值来实现这一点。
下面是它使用数值的工作方式：
# Load ape
library(ape)
# Simulate data
set.seed(23)
phy <- rcoal(10)
x <- runif(10, 0, 10)
y <- x + rnorm(10)
# Compute correlation of independent contrasts
cor.test(pic(y, phy), pic(x, phy))如何与离散数据进行独立对比？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2016-05-17 21:36:20
独立对比只适用于连续数据。为了检验离散变量之间的相关性，同时考虑系统发育的非独立性，有两个潜在的途径。
- 您可以使用系统发育logistic回归作为
phyloglm包的实现。 - 您可以使用连续时间马尔可夫模型测试一对离散性状之间的相关进化。这些模型是在独立软件BayesTraits中实现的，或者您可以遵循这个优秀的博客帖子，它演示了如何使用
phytools包实现测试。
我应该提到的是，人们对这些马尔可夫模型处理系统发生假性的能力提出了关注(参见本论文)，这使得我倾向于GLM框架。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/35785307
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