使用while循环剪接mRNA
使用while循环剪接mRNA
提问于 2016-04-09 18:28:28
我正在Python 3中学习一个编码类，我需要帮助找出我的代码有什么问题。基本上，我所做的是取一个mRNA序列，并剪接出序列中的外显子。我给函数一个序列和外显子的位置，然后它必须将它们拼接出来并返回mRNA的字符串。作业的重点是我们不应该使用列表理解、拆分或连接方法。以下是我到目前为止所拥有的：
def splice(seq, exons):
newseq = ""
i = 0
for x in exons:
while i < len(seq):
if i == x[0]:
i += (x[1] - x[0])
else:
newseq += seq[i]
i = i + 1
return newseq与现在一样，我的代码返回的mRNA序列中只有第一个外显子拼接出来，而没有外显子位置列表中的任何其他外显子。如下所示：
>> splice("AAACCCTTTTGGGTTTAA", [(3,6), (10,16)])
'AAATTTTGGGTTTAA'它应该返回这个(对于我的例子)：'AAATTTTAA‘
有人对如何使这项工作有任何建议吗？谢谢!(提醒我这学期以前除了一点Java之外，我从来没有编码过，所以请不要对我太挑剔。)
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2016-04-09 18:43:23
试试这个：
def splice(seq, exons):
newseq = ""
next = 0
for x, y in exons:
newseq += seq[next:x]
next = y
newseq += seq[next:]
return newseq和测试：
>>> splice("AAACCCTTTTGGGTTTAA", [(3,6), (10,16)])
'AAATTTTAA'Stack Overflow用户
发布于 2016-04-09 18:48:19
我不知道你是否需要时间循环。下面是一个只使用for循环的版本：
def splice(seq, exons):
newseq = ""
i = 0
n = 0
for x in exons:
newseq = seq[i:x[0]-n]+seq[x[1]-n:]
seq = newseq
n = x[1]-x[0]
i = x[0] - n
return newseq
splice("AAACCCTTTTGGGTTTAA", [(3,6), (10,16)])页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/36520951
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