HPC集群中并行作业CPU使用的波动
HPC集群中并行作业CPU使用的波动
提问于 2016-05-27 11:17:29
在我们的大学，我们有两个HPC团簇，专门用于量子化学计算。一个是旧的(自2009年起)，新的一个是几周前安装的。新旧集群系统中的每一个计算刀片都有16个处理器。在两个集群上都安装了相同的程序，并使用OpenMpi 1.6.5。在旧集群中，每个刀片的处理器使用率稳定在100 %，如下所示：
现在，当在新集群的计算刀片上运行完全相同的计算时，CPU使用率一直在0%到100 %之间波动，在大多数情况下如下所示：
在旧集群上的计算，即使处理器是老一代的，而且功耗较低，完成的时间也比在新集群上开始的时间要短得多。两个集群系统都在运行RedHat linux企业。
这里有什么问题吗？以及如何修复它？
提前谢谢你的帮助。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2016-10-17 11:45:49
我终于解决了这个问题。我想我应该把它发到这里来帮助任何可能遇到同样问题的人。在具有CPU频率问题的新集群上，计算直接在/home分区上运行，该分区通过NFS (网络文件系统)连接到各个计算刀片。这极大地减慢了计算速度，导致了低CPU频率问题和高等待时间，这可能是由于使用了大量资源在刀片和/home目录之间建立恒定的连接。当我修改脚本使计算在每个刀片内的一个临时文件夹中运行时，问题就解决了。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/37482132
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
