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社区首页 >问答首页 >如何在bcftools中使用插件命令?

如何在bcftools中使用插件命令?
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Stack Overflow用户
提问于 2020-04-01 01:10:42
回答 1查看 183关注 0票数 0

我的目标是使用bcftools检查我的数据集(vcf文件)中的参考等位基因是否与使用fixref插件的参考基因组(fasta文件)匹配。

在命令行上工作时,我首先设置了以下环境:

代码语言:javascript
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export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins

对于不匹配的测试数据集,建议使用以下代码:

代码语言:javascript
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bcftools +fixref test.bcf -Ob -o output.bcf -- -f ref.fa -m top

当我使用我自己的文件运行这段代码时(请注意,我的数据是.vcf,而不是.bcf),我得到以下错误:

代码语言:javascript
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[main] Unrecognized command

如果我简单地输入:

代码语言:javascript
复制
bcftools

我得到了一个列表,列出了我可以使用的5个命令(view、index、cat、ld、ldpair)。所以,尽管我已经设置了环境,但是否需要以某种方式激活它?我需要通过bash脚本运行我的命令吗?

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回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-05-07 06:46:04

代码语言:javascript
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bcftools

指向../bin/中的bcftools (0.1.19)的弃用版本,而

代码语言:javascript
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BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins

指向bcftools版本1.10.2的插件/bin/

将../bin/bcftools (0.1.19 )替换为1.10.2是修复方法。

票数 0
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/60956126

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