我的目标是使用bcftools检查我的数据集(vcf文件)中的参考等位基因是否与使用fixref插件的参考基因组(fasta文件)匹配。
在命令行上工作时,我首先设置了以下环境:
export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins
对于不匹配的测试数据集,建议使用以下代码:
bcftools +fixref test.bcf -Ob -o output.bcf -- -f ref.fa -m top
当我使用我自己的文件运行这段代码时(请注意,我的数据是.vcf,而不是.bcf),我得到以下错误:
[main] Unrecognized command
如果我简单地输入:
bcftools
我得到了一个列表,列出了我可以使用的5个命令(view、index、cat、ld、ldpair)。所以,尽管我已经设置了环境,但是否需要以某种方式激活它?我需要通过bash脚本运行我的命令吗?
发布于 2020-05-07 06:46:04
bcftools
指向../bin/中的bcftools (0.1.19)的弃用版本,而
BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins
指向bcftools版本1.10.2的插件/bin/
将../bin/bcftools (0.1.19 )替换为1.10.2是修复方法。
https://stackoverflow.com/questions/60956126
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