稀疏矩阵的列联表
稀疏矩阵的列联表
提问于 2016-12-27 14:34:12
我有一个大的稀疏矩阵。现在，我想为所有对列的组合制作应急表。例如:假设我的稀疏矩阵是Mat
D1 D2 D3 D4 D5 .. Dn
1 0 1 0 0 .. 0
0 1 1 1 1 .. 1
.. .. .. .. .. .. ..
1 0 1 0 1 .. 1现在需要为Di和Dj的所有组合建立应急表，例如用于(D1，D2)，(D1，D3)，(D1，D4)的应急表。(D1，Dn)，(D2，D3)，(D2，D4) .(D2，Dn) .(Dn-1，Dn)
各列列表的结构
r1 r2
r3 r4
#where r1 is total number of 1's in Di column
# r2 is total number of 1's in Di AND Dj column
# r3 is total number of 1's in Di AND Dj column
# r4 is total number of 1's in Dj column另外：
for each i in (1:n-1) {
for each j in (i+1 : n) {
Calculate r1,r2,r3,r4
create contingency table for Ri and Rj
apply fisher test on that
}
}我想要一些快速实现，因为它需要2-3天以上。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2016-12-27 15:34:51
这里有一个想法可以得到所有的2x2矩阵，
fun1 <- function(x,y){
matrix(data = c(sum(m1[,x]), sum(m1[,c(x,y)]), sum(m1[,c(x,y)]), sum(m1[,y])),
nrow = 2, ncol = 2)
}
#where m1 is your original matrix
ind1 <- combn(1:ncol(m1),2)[1,]
ind2 <- combn(1:ncol(m1),2)[2,]
final.list <- Map(fun1, ind1, ind2)
head(final.list, 2)
#[[1]]
# [,1] [,2]
#[1,] 3 6
#[2,] 6 3
#[[2]]
# [,1] [,2]
#[1,] 3 6
#[2,] 6 3数据
dput(m1)
structure(c(0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0,
1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1), .Dim = c(6L,
6L), .Dimnames = list(NULL, c("D1", "D2", "D3", "D4", "D5", "D6"
)))或者类似的，
fun2 <- function(x,y){
matrix(data = c(c.sums[x], sum(c.sums[c(x,y)]), sum(c.sums[c(x,y)]), c.sums[y]),
nrow = 2, ncol = 2)
}
ind1 <- combn(1:ncol(m1),2)[1,]
ind2 <- combn(1:ncol(m1),2)[2,]
c.sums <- colSums(m1)
final.list2 <- Map(fun2, ind1, ind2)页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/41347172
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
