将.fasta文件转换为.gff3文件
将.fasta文件转换为.gff3文件
提问于 2017-01-04 13:44:56
我试着用Roary做系统发育分析。
它说：“或者，你可以使用ncbi-基因组-下载拉下FASTA文件，并将它们转换为GFF3与Prokka。”在https://sanger-pathogens.github.io/Roary/中
我已经有了我需要的所有.fasta文件。
我应该如何将它转换成.gff3文件？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-01-04 18:08:48
Fasta文件包含核苷酸或肽序列(细菌/考古学基因组中的核苷酸)。另一方面，GFF3格式中的文件包含注释、与基因或其他基因组特征相对应的间隔列表。可以选择地，Fasta序列可以附加到GFF3文件的末尾(由##FASTA指令分隔)。我个人认为将GFF3和Fasta合并在同一个文件中是令人厌恶的，但显然这是某些软件包所必需的。
您提到了以下Roary文档的摘录。
或者，你可以使用ncbi-基因组-下载拉下FASTA文件，并将其转换为GFF3与Prokka。
除非我弄错了，否则这里使用的词是错误的。Prokka不把Fasta文件转换成GFF3文件，它以细菌/考古学基因组序列作为输入，并对它们进行注释。怎么做？您应该使用哪些参数？嗯，@heathobrien是对的:您需要阅读prokka文件 (也可能是论文 )。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/41465320
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