特定值的Pheatmap颜色
特定值的Pheatmap颜色
提问于 2017-01-21 18:58:27
我对R非常陌生，最近我一直在玩pheatmap库来生成，嗯，热图。我的问题是，我想用一种特定的方式来着色我的热图。我将在下面描述：
- 值<1应该是颜色坡道(例如，深蓝色到浅蓝色)。
- 一个完全等于1的值应该是深灰色的。
- 值>1应该是彩色坡道(例如，暗红色到浅红色)。
我使用过各种调色板的breaks参数和color参数，但我似乎无法找到一个好的解决方案。我来得最近的地方是这样的：
pheatmap(mtx,
color = c('#4444FF','#F4FF4F','#FF4444'),
breaks = c(0,1,2,3),
legend_breaks = c(0,1,2) )但是这不允许对范围进行可视化，即0.1应该看起来与0.9不同，尽管它们都应该是蓝色的。有人能提供建议或建议吗？我确实看过This ticket并考虑将1改为NA，但这对我来说有点太复杂了。更别提我必须关闭对pheatmap的集群，这不是我想要做的事情。谢谢!
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-06-06 21:18:46
不能为特定值设置颜色，但可以选择非常小的范围(如[0.999,1.001] )。
您应该设置您在问题中提到的范围的中断，然后相应地分配颜色；
library(pheatmap)
bk1 <- c(seq(-2,0.9,by=0.1),0.999)
bk1 <- c(1.001,seq(1.1,3,by=0.1))
bk <- c(bk1,bk2) #combine the break limits for purpose of graphing
my_palette <- c(colorRampPalette(colors = c("darkblue", "lightblue"))(n = length(bk1)-1),
"gray38", "gray38",
c(colorRampPalette(colors = c("darkred", "tomato1"))(n = length(bk2)-1)))
pheatmap(df, color = my_palette, breaks = bk, scale = "none",
cluster_rows = F, cluster_cols = F, margin = c(5,5))我使用https://gist.github.com/tomhopper/19f07fc96db8d149b24f制作了一个示例数据集
#V1 is random between -2 and 3
#V2 is equal to 1
#V3 is random between 0 and 3
df <- cbind(rnorm.within(1000, -2, 3),rep(1,1000), rnorm.within(1000,0,3))这将是上面创建的数据的热图；
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/41783245
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