图像中的平均距离与距离均值
图像中的平均距离与距离均值
提问于 2017-02-20 19:15:01
我试图计算我的网络的平均路径长度，我面临以下问题。我过去使用过来自average.path.length包的igraph。这一次，我决定选择另一条路线:我想使用distances函数(也来自包igraph)，然后找到所有距离的平均值。我的理解是，distances函数只是计算图的顶点之间成对的最短路径，因此mean(distances(graph))应该返回平均路径长度。然而，当我尝试使用这种方法时，我注意到我得到了average.path.length和mean_distance的指导应用程序所提供的不同值。最初，我认为这个问题是由一些孤立的节点引起的，但是当我在一个完全连接的玩具图上检查它时，我也遇到了同样的问题。
下面是一个可重复的例子：
toy.graph <- graph.formula(1-2,1-3,1-5,2-5,3-5,3-6,4-6)
mean_distance(toy.graph)
[1] 1.866667
average.path.length(toy.graph)
[1] 1.866667
mean(distances(toy.graph))
[1] 1.555556我知道mean_distance和distances使用了不同的算法，但是在这样一个小而简单的模型上，这种差异应该如此大吗？我遗漏了什么？
回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2017-02-20 19:30:11
我认为你得到了一个不同的答案，因为你用的是整个距离矩阵的平均值，而不是distance(toy.graph)的下半个上三角，它包括对角线上的0，它降低了距离。
library(igraph)
toy.graph <- graph.formula(1-2,1-3,1-5,2-5,3-5,3-6,4-6)
plot(toy.graph)
mean_distance(toy.graph)
#[1] 1.866667
average.path.length(toy.graph)
#[1] 1.866667
mean(distances(toy.graph))
#[1] 1.555556
mean(distances(toy.graph)[lower.tri(distances(toy.graph))])
#[1] 1.866667页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/42352578
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