用二元响应变量绘制系统发育logistic回归图
用二元响应变量绘制系统发育logistic回归图
提问于 2017-04-16 19:53:15
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Stack Overflow用户
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发布于 2017-04-16 20:39:36
使用?phyloglm中的示例
library(ape)
library(phylolm)
set.seed(123456)
tre = rtree(50)
x = rTrait(n=1,phy=tre)
X = cbind(rep(1,50),x)
y = rbinTrait(n=1,phy=tre, beta=c(-1,0.5), alpha=1 ,X=X)
dat = data.frame(trait01 = y, predictor = x)
fit = phyloglm(trait01~predictor,phy=tre,data=dat,boot=100)图(抖动)数据和响应(plogis()是逻辑函数)。预测值是logistic(a+b*x)；我们使用curve()和add=TRUE来画线)
par(las=1,bty="l") ## cosmetic
plot(x,jitter(y,factor=0,amount=0.02),
xlab="trait",ylab="response",xlim=c(-3.5,3.5))
cc <- coef(fit)
curve(plogis(cc[1]+cc[2]*x),col="red",add=TRUE)
OP对这个情节的描述是
它(虽然我们看不到y轴尺度)与逻辑拟合完全一致，在预测值的中间范围内近似线性(曲线的上端有减速的迹象)。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/43441467
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